По правилам обособление оборота с предлогом согласно обязательно, если он располагается между подлежащим и сказуемым. В других позициях, в том числе в начале предложения, обособление этого оборота факультативно.
Запятая нужна, и она должна быть парной: необходимо выделить весь оборот в соответствии с пунктом 7 протокола совещания об оборудовании автодорожной и железнодорожной составляющих транспортного перехода через Керченский пролив системами пожаротушения с забором воды из акватории Керченского пролива от 16 ноября 2020 г. Прочитать о постановке знаков препинания в при оборотах с непервообразными (производными) предлогами можно в «Справочнике по пунктуации».
Нигде.
Оба варианта возможны.
Литературный вариант: всего за несколько часов.
Правильно без кавычек: бухта Богородское Озеро и т. д.
