Правильно: управляющий филиалом. После слов заведующий, управляющий, командующий существительные ставятся в творительном падеже.
Правильно: управляющий чем-либо (творительный падеж).
Правильно: управляющий клубами.
Правильно: управляющий рестораном.
Правильно: управляющий фондом.
Правильно: региональный управляющий филиалом. См. также ответ на вопрос № 243193.
Правильно: заведующий сектором ХХХ. После названия должности заведующий (равно как и управляющий) существительное ставится в творительном падеже. Это объясняется тем, что существительное заведующий возникло путем субстантивации (перехода слов из одной части речи в другую), оно произошло из причастия (человек, заведующий чем?) и, став существительным, обозначающим должность, сохранило свое управление.
Корректнее: управляющая. Но: назначить управляющим филиала Иванову.
Правильный второй вариант.
Правильно: управляющий филиалом.