Сайт – в компьютерной сети объединённая под одним адресом совокупность документов частного лица или организации.
Портал – крупный сайт, объединяющий различные универсальные сервисы.
Отсутствуют грамматические признаки обособления. Завершающий фрагмент — полноценный второстепенный член предложения.
Запятая перед в том числе не нужна, поскольку здесь нет присоединительного оборота.
В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина по поводу оборотов с предлогом кроме сказано следующее: «Оборот с предлогом кроме имеет два значения: а) одно совпадает со значением слов за исключением, т. е. имеет значение исключения из ряда подобных предметов: На всех берегах залива на протяжении сотен верст мною не было встречено ни одного человека, и, кроме горчайшей полыни и сухого бурьяна, я не сорвал ни одной травинки (Пауст.); Вершинин отправил луговиков в институт, всех, кроме Свиридовой, — ее он включил в высокогорный отряд (Зал.); б) другое — это обозначение включения в ряд подобных предметов: У Бунина, кроме блестящих, совершенно классических рассказов, есть необычайные по чистоте рисунки (Пауст.); Я слышал, кроме гудения мотора, еще несколько звуков (Пауст.).
В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись. Ср.: Кроме учителей на собрание пришли и ученики. — Кроме учителей, на собрание никто не пришел».
В соответствии с рекомендацией справочника в Вашем случае обособление нужно.
Яблоки сорта «антоновка».
Грамматически верно: на 50 территориях. На наш взгляд, это сочетание требует замены (перефразирования).
Корректно дефисное написание: нотариально-окружной, федерально-окружной.
Запятая факультативна. Вводное слово обычно не отделяется знаком препинания от присоединительного союза, стоящего в начале предложения, однако при интонационном выделении вводного слова оно может отделяться от союза запятой.