Обособление приложения главного бухгалтера А.А. Петрова придаст ему характер попутного замечания: важно, что это был ключ работника компании, а что это за работник — информация второстепенная. Если важно именование конкретного работника, приложение выделять не нужно. Правда, в этом случае возникнет двусмысленность: фрагмент можно прочитать и как работника компании (чьей?) главного бухгалтера А.А. Петрова; возможно, потребуется перестроить предложение.
Верно: тЕплятся надежды.
Верно: Иван — молодой, подающий большие надежды ученый.
Запятые нужны: С уважением, Петрова Наталья Степановна, пенсионерка. Традиционно ставится запятая после слов с уважением (этим объясняется первый знак). Обособляется приложение, относящееся к имени собственному, если оно стоит после определяемого существительного (этим объясняется второй знак).
Постановка этой запятой синтаксически не обусловлена. При этом ошибкой наличие запятой не является.
Тире нужно. Тире ставится между подлежащим и сказуемым, если они выражены существительными.
См. «Справочник по пунктуации»: КАК ТАКОВОЙ.
