Правилен второй вариант.
Приложение с более конкретным значением, чем определяемое слово, отделяется одним тире. Обособление такого приложения запятыми допускается правилами пунктуации.
В географических и административно-территориальных названиях все слова пишутся с прописной буквы (кроме служебных слов и слов года, лет, имени), поэтому слово разъезд в составе названия нужно начинать с прописной. Выбор словесной или словесно-цифровой записи для обозначения порядкового числительного не регламентируется правилами орфографии. То есть орфографически корректно: микрорайон Первый Разъезд и микрорайон 1-й Разъезд.
В приведенных Вами названиях второе слово должно начинаться с прописной буквы: мкр-н Чистые Поляны, мкр-н Красный Ключ.
Запятые до и после например нужны.
Верно: с включенным.
Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.
Корректно: Я живу в микрорайоне Университетский-2.
Запятая нужна: Волнуясь, вынимаю микрофон.
Предпочтительно согласование в м. р. (при отсутствии родового слова бактерия).
