Слово консультация употребляется в значении "совещание специалистов по какому-л. вопросу": с дежурным врачом проведена консультация о состоянии пациента.
Если речь идет о формате совещания, то верно: обсудить на круглом столе.
Такие названия, как Минкультуры, Минприроды и т. п. (где вторая часть – в родительном падеже), не склоняются. Обратите внимание: официальное сокращенное название Министерства труда и социальной защиты Российской Федерации – Минтруд России. Это название склоняется: совещание в Минтруде России, Минтрудом России подготовлен законопроект.
Запрета на такое использование квадратных скобок нет. Квадратные скобки используются в специальных текстах, например:
1) для обозначения фонетической транскрипции;
2) для объяснения этимологии слова;
3) при цитировании: для расшифровки сокращений или внесения в текст мелких примечаний, например: Он [Платон Каратаев] сам не знал и не мог определить, сколько ему лет (Л. Толстой);
4) для указания на источник цитирования, например: Типографское назначение пунктуации состоит в «расчленении целого текста на части с тем, чтобы представить текст не как аморфную массу символов, а в виде единиц, быстро и четко различаемых глазом» [Веденина Л. Г., 1975, 156] (Н. Шубина);
5) для того, чтобы избежать употребления двойных скобок одного рисунка, например: добавка «Кола» [краситель «Карамель» (Е150)].
Слово секретариат пишется с прописной буквы как первое слово официального названия организационно-руководящего органа международного объединения, например: Секретариат Совета Европы. В значении "отдел учерждения, организации; орган совещания, конференции и т. п." слово секретариат пишется со строчной буквы: секретариат съезда.
Корректная пунктуация: Принимая во внимание имеющуюся и сохраняющуюся ситуацию с угрозой распространения коронавируса в России и мире, приведшую к сокращению передвижений и перемещений физических лиц как внутри страны, так и за ее пределами, ограничению деятельности организаций и запретам на проведение массовых мероприятий, организационный комитет конференции по итогам совещания от 9 июня 2020 года принял следующие решения.
Запятая нужна, и она должна быть парной: необходимо выделить весь оборот в соответствии с пунктом 7 протокола совещания об оборудовании автодорожной и железнодорожной составляющих транспортного перехода через Керченский пролив системами пожаротушения с забором воды из акватории Керченского пролива от 16 ноября 2020 г. Прочитать о постановке знаков препинания в при оборотах с непервообразными (производными) предлогами можно в «Справочнике по пунктуации».
См. в "Справочнике по правописанию и литературной правке" Д. Э. Розенталя: Действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения, например: Подведя итоги прений, председатель собрания отметил общность взглядов докладчика и участников совещания.
Если же производитель действия, обозначенного глаголом-сказуемым, и производитель действия, обозначенного деепричастием, не совпадают, употребление деепричастного оборота стилистически ошибочно, например: Переходя через рельсы, стрелочника оглушил неожиданный свисток паровоза.
Нет, в этом предложении нарушено правило согласования деепричастного оборота. Действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения, например: Подведя итоги прений, председатель собрания отметил общность взглядов докладчика и участников совещания. Если же производитель действия, обозначенного глаголом-сказуемым, и производитель действия, обозначенного деепричастием, не совпадают, употребление деепричастного оборота стилистически ошибочно, например: «Переходя через рельсы, стрелочника оглушил неожиданный свисток паровоза» (переходя относится к стрелочнику, а оглушил — к свистку).