Слова в редких случаях не являются вводными. Они могут никак не обособляться, но, если автору текста важно выделить эти слова, обратить на них внимание читателя или оформить их как попутное примечание, он вправе поставить запятые, тире или скобки: они лишаются наград, премий и, в редких случаях, работы; они лишаются наград, премий и – в редких случаях – работы; они лишаются наград, премий и (в редких случаях) работы. Словом, здесь решение – за автором текста.

Сначала об орфографии. В современном русском языке правильным является написание через О: Кощей, Кощей Бессмертный и (о тощем старике, скряге) кощей. Но раньше правильным было написание Кащей. Сейчас этот вариант в словарях дается как устаревший.

Теперь о происхождении этого слова. Слово Кощей имеет два варианта этимологии: 1) от слова кость ('худой, тощий человек, ходячий скелет'); 2) от костить в значении 'бранить'. Поэтому согласно этимологии надо писать через О.

1. Уместнее всего оформить часть предложения как вставную конструкцию: При входе в палату к больным капельными инфекциями (а в периоды, неблагополучные по заболеваемости гриппом, — во все палаты) персонал обязан надевать одноразовые маски, закрывающие рот и нос. 2. Запятая в скобках поставлена верно: часть, начинающаяся после союза и, сообщает о том, что последует из ситуации, названной в предыдущей части, а к союзу и может быть добавлен соответствующий конкретизатор, например и тогда.

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Использование бессоюзной связи в данном случае не выглядит удачным. Более уместным будет (в зависимости от контекста, который здесь не приведен) либо прояснить отношения частей с помощью союза, либо оформить части как самостоятельные высказывания:

• Если вам разрешили пользоваться телефонами, это хорошо.
• Вам разрешили пользоваться телефонами. Это хорошо.

Бессоюзие может быть использовано при параллельном строении частей и сопоставительных отношениях между высказываниями:

• Всё п росто: вам разрешили пользоваться телефонами — это хорошо, вам запретили телефоны — это плохо.

Мы уже ответили Вам на множество вопросов на эту тему. К прежним ответам добавим, что границы имени собственного (имени персонажа, названия того или иного уникального предмета) во многих случаях устанавливает автор текста. При этом стоит учитывать, что, когда в современных текстах авторы присваивают статус имени собственного любому словосочетанию и пишут все компоненты, даже служебные, с прописной буквы, это не соответствует традиции русского письма. Поэтому оформить название меча как Сияние рассвета гораздо лучше, чем Сияние Рассвета. 

После второго (здесь — последнего) из дополнений, связанных повторяющимся разделительным союзом то ли... то ли..., запятая не требуется: Он показал весь уровень презрения то ли ко мне, то ли к ситуации в целом и покинул кабинет. Этот ряд дополнений, представляющий собой догадки автора, сопровождающие описание реальной ситуации, можно также оформить как вставную конструкцию: Он показал весь уровень презрения — то ли ко мне, то ли к ситуации в целом — и покинул кабинет.

Лучше оформить такое предложение более наглядным выделением элементов разного уровня. Например:

Будет принято решение о готовности ООО «Дуб» к выполнению следующих видов работ: 5. Демонтаж (в части: 5.1. Демонтаж строений; 5.2. Демонтаж труб); 7. Разработка проектов; 8. Транспортировка (в части: 8.1. Транспортировка грунта; 8.2. Транспортировка труб), — а также о готовности к выполнению следующих видов работ при обследовании: 1. Ремонт трубопроводов; 13. Инженерные работы (за исключением геодезических работ).

В сочетании г. Пермь Пермской области зависимые слова Пермской области, грамматически связанные с существительным Пермь, играют при нем роль несогласованного определения, называющего постоянный признак (см. параграф 53 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и приведенный в нем пример табуретки с золочеными ножками).

Во втором приведенном Вами случае сочетание Пермская область грамматически не связано со словом Пермь, оно несет в себе дополнительную информацию, а потому его уместно оформить как вставку в скобках: г. Пермь (Пермская область).

В примере из справочника Д. Э. Розенталя глагол побежал обозначает действие, не сопровождающее слова, а следующее после того, как они были сказаны. В Ваших же примерах говорится о мимических и прочих движениях, обычно сопровождающих речь, неотделимых от нее, поэтому рекомендуем оформить их как обычные конструкции с прямой речью, выдвинув глагол в начальную позицию:
— Ирина, вы рассержены? — нахмурил он лоб.
— Придётся брать наугад, — вздохнул он с преувеличенной досадой.
См. также ответ на вопрос № 326441.