Запятая нужна. Учитывая вышеизложенное — деепричастный оборот, а деепричастные обороты выделяются запятыми.
Запятая перед что нужна.
Почему исчезло?
Эти слова не требуют обособления, однако окончательное решение можно принять, только зная предложение целиком.
В этом предложении благодаря - не деепричастие, а производный предлог. Обстоятельственные обороты с этим предлогом обособляются факультативно.
Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.
