Слово Югра в данном случае выступает в роли приложения.

Сочетания с однословными приложениями, следующими за определяемым словом, пишутся через дефис: ХМАО-Югра.

Если в сочетании с приложением одна из частей содержит пробел, вместо дефиса употребляется знак тире: Ханты-Мансийский автономный округ — Югра.

Географическое название, употребленное с родовыми наименованиями город, село, деревня, хутор, река и др., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают.

Кроме того, обнаруживают тенденцию к несклоняемости приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (с родовым словом): между селами Молодечно и Дорожно.

Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом. Подробнее см. в "Письмовнике".

Таким образом, верно: в городе Полярном, в городе Кириллове, в городе Бабаево, в селе Ферапонтово, в селе Хвалевском, в селе Спасское-Куркино.

Если родовое слово сокращено до г. или с., правила те же, что и со словами город и село.

Дело в том, что русское слово подмет существует, оно появилось раньше с другим значением - "обман, подлог, донос". Подметное письмо - такое, которое "подкинуто" без подписи, анонимное письмо. Возможно, именно существование в русском языке слова подмет с этим значением преградило дорогу словообразованию по той модели, которую описываете Вы.

Маркиз де Велада — это испанский дворянский титул, де Велада в нём не является фамилией, а обозначает отнесённость к территории под названием Велада. В этом сочетании действительно склоняется только слово маркиз: маркиза де Велада, маркизу де Велада и т. д. Если же де Велада становится фамилией, тогда её следует склонять: де Велады, де Веладе и т. д.

О нерусских фамилиях, относящихся к двум и более лицам, правомерна следующая рекомендация: возможно употребление фамилии как в единиственном, так и во множественном числе без какой-либо градации сопровождающих их слов на термины родства, имена, инициалы и т. п. Иначе говоря, корректны оба варианта: Баскуньян продали формулу крема и все наработки по муцину и Баскуньяны продали формулу крема и все наработки по муцину. 

Без сомнения, слово гений может быть употреблено по отношению к женщине. Но грамматические свойства слова остаются неизменными: это существительное мужского рода (ср. с существительными общего рода, такими как сирота, лежебока, соня).

Запятая перед как (а здесь это союзное слово) нужна. Это запятая между частями сложного (сложноподчиненного) предложения. Если заменить как на каким образом, структура предложения останется прежней, а значит, запятая также будет нужна.

Предложение построено неудачно. Предлагаем такие варианты: В той копии товарной накладной на отгрузку, которая останется у клиента, необходимо указывать фамилию экспедитора; В предназначенной клиенту копии товарной накладной на отгрузку необходимо указывать фамилию экспедитора.

Склонение мужской фамилии Маркатюк обязательно. Если фамилия оканчивается на согласный, ее происхождение не имеет значения: все мужские фамилии на согласный склоняются (кроме фамилий на -ых, -их), а все женские фамилии такого типа остаются несклоняемыми.

Со словом деревня имя собственное склоняется при совпадении рода обоих слов (т. е. если географическое название женского рода). Литературная норма: в деревне Полоной, в деревне Нежковке. В официально-деловой речи, в документах название останется в несклоняемой форме.