Здесь логика та же, что и с названиями, например, марок автомобилей.
Автомобиль — сущ. мужского рода, (авто)машина — женского. Из этого как будто бы следует, что можно и так, и так. Но, когда речь идет, допустим, о «Волге», пишут и говорят приехал на синей «Волге» (ж. р.), а когда о «Москвиче» — приехал на синем «Москвиче» (м. р.). Противоположные варианты исключены. Это означает, что решающую роль играет род того существительного, которое и является названием, а не род слова, обозначающего понятие. Следовательно, когда речь идет о байдарке, мужской род названия «Таймень» сохраняется.
Не уверены, что мы верно поняли вопрос, но попробуем ответить. Запятая перед причастным оборотом (лебедь, упавший в воду) ставится как и перед любым постпозитивным определением (лебедь, мертвый, упал в воду). Дело в том, что обычное (нейтральное) место определения в русском языке — перед определяемым словом (Она надела короткое красное платье), поэтому перемещение определения в позицию после определяемого слова (Она надела платье, короткое, красное) по-иному акцентирует высказывание, что на письме выражается обособлением при помощи запятых. Деепричастный оборот выделяется потому, что деепричастие — это форма глагола, то есть, по сути, дополнительное сказуемое. Ср.: Монета покатилась, звеня и подпрыгивая — Монета катилась, звенела и подпрыгивала.
Словоупотребление существительных в подобных контекстах нормой не регламентировано, а в узусе оно колеблется. Считается, что дистантное расположение числительного и существительного должно препятствовать образованию формы с ударением на окончании: два широких ша́га, но не два широких шага́ (Мельчук И. А. Поверхностный синтаксис русских числовых выражений. Вена, 1985. С. 432–433). Однако формы с ударением на окончании от разных существительных проявляют различную степень устойчивости при отделении от числительного определением или другим словом. Наибольшую устойчивость проявляет здесь форма часа́ (два долгих часа́), в меньшей мере это касается словоформ ряда́ и шага́ (Холодилова М. А. Счетные формы малого количества в русском языке: закономерности лексического распределения).
Действительно, если поставить двоеточие после сочетания бумагу с приказом, получится, будто следующая реплика — это слова директора, поэтому здесь нужна точка. Заметим также, что первая часть реплики воспринимается как принадлежащая Юре, поскольку с этого имени начинаются авторские слова. Сообщение о том, что Юра кричит, нужно перенести в другое место текста, чтобы прямая речь однозначно воспринималась как принадлежащая Насте: «Так экзамен будет завтра? — Настя спокойно кивает в сторону директора — тот как раз несёт бумагу с приказом. — Ты в школе-то был?..» Сочетание бегал, вопил, всем жаловался оформляется как ряд однородных сказуемых, обозначающих три раздельных действия.
1. Запятые не нужны, так как союз или соединяет однородные дополнения источником и факторами, а союз либо — однородные придаточные части с грамматическими основами случаи объединены и преемственность имеется.
2. Запятая нужна, так как части сложносочиненного предложения не имеют объединяющего элемента (общего обстоятельства, придаточной части и т. п.).
3. Обстоятельственные обороты (в том числе с производным предлогом ввиду) в начале предложения не обособляются. Слово скорее здесь составляет часть сопоставительного союза а скорее и не требует выделения запятыми (слово скорее является вводным, если близко по значению к «вернее, лучше сказать» или выражает неуверенность автора в сообщаемом).
Вы правы в том, что в приведенных примерах деепричастие учитывая употреблено некорректно. Во всех трех случаях лучше использовать условное придаточное: Если учесть, что… Но деепричастие при этом не перестает быть деепричастием. Предлог не может подчинять изъяснительное придаточное, на это способно только знаменательное слово с определенным значением.
Некорректность употребления деепричастия заключается в следующем. Действие, обозначаемое деепричастием, должно выполняться тем же субъектом, что и действие, обозначенное глаголом-сказуемым. Но сочетание не может учитывать (в первом примере), словообразование — тоже (второй пример), стратегия — тоже (третий пример). Именно несоблюдение этого правила вы ошибочно именуете «согласованием со сказуемым» (согласования в грамматическом смысле здесь нет).
Использование или неиспользование скобок при этих идентичных по функции сочетаниях диктуется их грамматическими особенностями. Сочетание именуемый далее Заказчик грамматически связано с базовой частью предложения — представляет собой согласованное определение к имени, частью конструкции NN, именуемый далее Заказчик (согласование — синтаксическая связь, при которой зависимое слово уподобляется главному в его морфологических признаках). Сочетание далее — Договор представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как Далее он именуется/называется Договор (наречие далее здесь обстоятельственный детерминант), оно употребляется внутри конструкций типа заключили настоящий Договор на оказание услуг (далее — Договор) о нижеследующем и грамматически не связано (ни падежными формами, ни как-либо еще) с базовой частью предложения.
1. По смыслу: брошенный - такой, которого бросили (не бросали). Н. ф. - бросить.
2. Нет.
"Большой толковый словарь" говорит о том, что в таком контексте "хорошо" выступает как вводное слово (правда, это не частеречная принадлежность, а синтаксическая функция).
Писать вопросы с маленькой буквы — верно.