1. Пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словам, напр.: Говорит, он ничего-де не знает. Ответь-ка на вопрос. Чёрт-те что! Уж она-то знает, в чём дело. Знать-то она знает. Ночь-то какая! Где-то он сейчас, как-то ему живётся? Всё да да нет; не скажет да-с / Иль нет-с (П.).

То в составе союзов будь то и как то пишется отдельно от предшествующей части.

2. Пишутся через дефис сочетания с частицей -таки, следующей за словом, к которому она относится:

а) за сказуемым (выраженным не только личной формой глагола, но и другими способами), напр.: Он приехал-таки вовремя; Вопрос решён-таки положительно; Он рад-таки её приезду;

б) за неличной формой глагола (причастием или деепричастием) не в составе сказуемого, напр.: преступник, сумевший-таки скрыться; фильм, показанный-таки по телевидению; он выступил, сказав-таки всё, что хотел;

в) за наречием: довольно-таки, наконец-таки.

Частица таки, пишется раздельно, если предшествует слову, к которому она относится (обычно сказуемому), напр.: Он таки приехал вовремя (таки относится к слову приехал).

Для постановки запятой нет оснований (два однородных члена вознаграждений и наказаний соединены союзом и). Повторять предлог за не нужно.

Корректно: Система вознаграждений за выполнение норм, согласие с ними и наказаний за отклонение от них.

Вероятно, предлог за используют по аналогии с употреблением в сочетании извиниться за что-либо. Но это ошибка.

Корректно: заместителям генерального директора по направлениям деятельности.

Верно: Всего за месяц был принят 173 701 звонок.

Корректно: молиться о чем (о здравии, о мире, о спасении и т. д.), молиться за кого-что. Молиться за Украину - корректное сочетание.

В этом предложении обстоятельство времени в дальнейшем относится к одному из однородных обстоятельств цели; чтобы показать это, лучше изменить порядок слов: Слушатели развивают навыки поиска и изучения источников, необходимых для изучения дисциплины и для самостоятельной научной работы в дальнейшем. Исходный порядок слов также возможен; в этом случае обстоятельство в дальнейшем приобретает значение попутного пояснения, а такие обстоятельства обособляются. Сравним подобные примеры в параграфе 20.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Дедушка остановился и, с помощью Мазана, набрал большую кисть крупных ягод (Акс.); Мы уже посадили последние хлебы в печь и, из боязни передержать их, не ложились спать (М. Г.).

Дополнительные запятые в этом предложении не требуются. Между однородными придаточными, соединенными союзом и, запятая не ставится: Было ясно, что раненый умрет и что ему осталось несколько мгновений жизни.

Обратите внимание на правильное написание слова: дилемма.

Так что – союз, а не вводное слово. Запятая после так что не ставится. Обратите внимание: слово дипломированный пишется с двумя Н.