Форма творительного падежа этих названий существует, но не вызывает вопросов по написанию и произношению, поэтому не указана в словарях.

Верно: Кемью, Томью, Пермью.

Места, где сгибаются пальцы, называют суставами, костные части называют фалангами.

Это фраза с прямой речью, ее следует оформить так: «Значит, спит крепко, — сладко зевнула молодая графиня и пропела спросонья: — Старый граф Залез на шкаф. Оттуда свалился И мёртвым притворился».

Оба способа слогораздела возможны. Какому из правил, декларируемых в учебнике для второго класса, противоречит вариант слогораздела а-ква-ри-ум? Другое дело, что такой слогораздел не позволяет перенести слово на новую строку по границе между первым и вторым слогом.

Такая формулировка содержится в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Справочник представляет собой новую редакцию действующих «Правил русской орфографии и пунктуации», на которые Вы ссылаетесь. 

С прописной буквы пишется первое слово в официальном названии учреждения, организации и т. п. Правильно: Депертамент образования города Москвы. Но ср.: в примерах наподобие В департаменте образования обсуждали новую федеральную программу развития образования корректно написание со строчной буквы.

"Висячим" называется предлог, расположенный в конце строки и связанный по смыслу с самостоятельным словом в начале следующей строки. Правила правописания ничего не говорят о таком предлоге, правила типографики (оформления печатных текстов) рекомендуют перенос висячих предлогов на новую строку.

1. Всё, что было нужно, — показать паспорт. Запятая закрывает придаточное предложение.
2. Нужно ежедневно задаваться вопросом: «Кто я и что хочу делать дальше?» Перед прямой речью после авторских слов ставится двоеточие, прямая речь пишется в кавычках с большой буквы.

На наш взгляд, в этих случаях обособление не требуется.

Вы не ошибаетесь. Во-первых, налицо ошибки в правописании: авторские слова внутри прямой речи должны быть написаны со строчной буквы, а перед первым тире должна стоять не точка, а запятая. Однако, по нашему мнению, первое предложение вообще не следует оформлять как прямую речь. В кавычки лучше заключать только вторую часть высказывания. Возможный вариант: Умение хорошо двигаться, быстро переходить с одной позиции на другую – такие особенности своего подопечного отмечает Алексей. «Если ноги у боксера не работают, он превращается в грушу», – поясняет тренер.