Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.
Запятая не нужна.
Так поставить знаки можно, хотя после личного местоимения тире обычно не ставят.
Да, правильно.
В этом случае обособление уместно.
С точки зрения орфографии такое написание нелогично, однако оно грамотно, поскольку соответствует уставным (правоустанавливающим) документам.
Запятые не требуются, поскольку здесь нет присоединительной конструкции: так зафиксировано в том числе и в «Большой советской энциклопедии».
Верно: в зараженной акватории. Вариант с предлогом на, возможно, свойствен профессиональной речи.
Правильное управление: понимать что (полный охват предмета действием, например: я понимаю живопись) и понимать в чём (частичный охват предмета действием, например: я понимаю кое-что в живописи). Понимать о чём – неправильно. В приведенном Вами примере слова о том лишние. Правильно: понимать, что он говорит.
