Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Запятая нужна. В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: «Запятыми выделяются или отделяются сравнительные обороты с союзом как в следующих случаях: <...> 2) если в основной части предложения имеется указательное слово (так, такой, тот, столь)».

В таких конструкциях существительное может употребляться как в единственном, так и во множественном числе. Форма ед. ч. указывает на внутреннюю связь определяемых предметов. Форма мн. ч. подчеркивает наличие нескольких разобщенных предметов. В итоге - выбор за Вами.

Что в данном случае употребляется в значении 'который', в этом значении оно может соотноситься как с неодушевленными существительными, так и с одушевленными. Ср.: И мальчик, что играет на волынке, И девочка, что свой плетет венок... (А. Ахматова).

Это обобщенно-личные предложения, в которых субъект действия мыслится обобщенно, то есть указанное действие относится к любому лицу. Такие предложения могут быть односоставными (Без труда не вытащишь рыбку из пруда), так и двусоставными, как в приведенном Вами примере.

Фраза сидеть на парте означает, что человек воспользовался партой, словно табуреткой или стулом, для сидения на ней сверху. Сидеть за партой – это сидеть так, чтобы парта стояла перед сидящим, как положено сидеть ученику в классе с партами.

Выражение в свою очередь обычно не выделяется запятыми, если употреблено в значении, близком к прямому ("когда наступит очередь": выступить в свою очередь), в значениях "со своей стороны", "так же как и другие" или в значении "в ответ".

Судить о правописании этого прилагательного трудно. Во-первых, оно не отмечается словарями (трудно даже найти аналогии). Во-вторых, не вполне ясно значение прилагательного: если имеется в виду "красный как мясо", то так и следует писать, или - "цвета мяса".