Эта корпорация сокращенно называется Роснанотех или ГК "Роснанотех". Именно такого написания и следует придерживаться. Это название может употребляться как существительное мужского и женского рода.

Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

После первых частей сложных и сложносокращенных слов звук ы передается буквой и. Правильно: госидеология, пединститут, спортинвентарь и т. п.

Указанная запятая не требуется.

Верно: копия документа, копия паспорта.

Действительно, рекомендации словарей претерпели изменения, языковая норма меняется.

«Словарь современного русского языка в 17 томах» в 1991 году отмечал только вариант броня (указывая на бронь как просторечное, нелитературное слово). В новом же издании словаря («Большой академический словарь русского языка», том 2, 2005 г.) есть броня (общеупотребительное) и разговорное бронь 'официальное закрепление за кем, чем-либо льготных прав на пользование чем-либо, получение чего-либо'.

Вот как это слово раньше фиксировали словари. 

• В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова – два ударения при одном заголовочном слове: броня. Значения слова объединены в одной словарной статье: 'воинский доспех'; 'защитная облицовка'; 'запрет, налагаемый властью на какие-либо предметы общего пользования с целью обеспечить их для кого-либо, для каких-нибудь государственных нужд' (новое, официальное слово); 'предметы, на которые наложен такой запрет' (новое, разговорное слово); 'право пользования такими предметами, документ на это право' (новое, разговорное слово).
•  В «Словаре русского языка» С. И. Ожегова (1952) – броня и просторечное бронь. Такая рекомендация сохранялась в последующих изданиях словаря, а также в большинстве других нормативных источников.
• В «Кратком словаре трудностей русского языка» Н. А. Еськовой: только броня в значении 'закрепление за кем-чем-либо': броня на билеты. Восклицательным знаком сопровождается помета: «!неправильно ед. им. и вин. бронь».
• А вот в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова – только бронь. Другого варианта нет.

Патронаж (от франц. patronage – покровительство, попечительство) – 1) книжное, устарелое: то же, что патронат; покровительство: Боясь сначала смиренной роли наших соотечественников и патронажа великих людей… (Герцен); 2) система медицинского обслуживания больных и детей раннего возраста в домашних условиях: патронаж беременных и детей; патронаж психических больных.
Патронат (позднелат. patronatus, от лат. patronus – покровитель) – 1) особая форма покровительства в Древнем Риме; 2) вообще покровительство со стороны кого-нибудь; 3) в СССР: воспитание детей-сирот и детей, потерявших связь с родителями, в семьях трудящихся под контролем государственных организаций.
Третье значение слова патронат (под номером 2) зафиксировано и в МАС, в «Словаре русского языка» С. И. Ожегова (1989). В словаре Ожегова слово патронаж зафиксировано только в одном значении – «регулярное оказание лечебно-профилактической помощи на дому новорожденным и некоторым категориям больных».
В 90-е годы прошлого столетия под влиянием социальных факторов происходит актуализация книжного устарелого значения слова патронаж (= покровительство). В «Толковом словаре русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой (М., 1997) зафиксированы как устойчивые выражения под патронажем кого - то же, что под патронатом, под патронатом кого – под постоянным наблюдением, содействием и руководством.
Таким образом, слово патронаж действительно в одном из значений связано с медициной. Однако выражения под патронажем и под патронатом употребляются равноправно, они синонимичны, их значение – «под наблюдением, содействием и руководством кого-либо, чего-либо».