Вы правы, изменение написания слова связано с утверждением в 1956 году новых правил правописания. Что касается значений, то многие связанные с техникой слова сегодня употребляются несколько иначе, чем в 30-е годы прошлого столетия. Можно обратиться хотя бы к истории слова самокат (в словаре Д. Н. Ушакова этим словом назван велосипед).

Морфемный состав слова чернила разные специалисты определяют по-разному. Мы склоняемся к тому, чтобы выделять в этом слове корень черн-: черн-и-л-а. Такой вариант членения этого слова предложен в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Ф. Ефремовой. В таком случае можно проверить правописание этого слова однокоренным прилагательным черный.

Нет, поскольку русское слово молдаване образовано от русского названия страны – Молдавия. Республика Молдова – это название, используемое в официальных документах. Наличие этого официального наименования не отменяет существования в русском языке слова молдаване. Аналогично: Республика Беларусь (официальное название в документах), но белорусский, белорусы (эти слова образованы от слова Белоруссия, которое по-прежнему употребляется в неофициальных текстах).

В русском языке, как и в любом другом, слова могут иметь разную стилистическую окраску. Существительное жопа считается грубым, просторечным синонимом к слову задница. Если изменится общественная оценка этого слова, то будет изменена и стилистическая помета в словаре. Однако, на наш вгляд, пока что у слова жопа не наблюдается тенденции перехода в нейтральный стиль. 

Так можно назвать буквы, для которых нет проверочных слов в современном языке, но которые можно проверить, если обратиться к этимологии слова. Например, для первой гласной в слове колесо проверочного слова в современном русском языке нет, но известно, что колесо восходит к древнему коло – круг. Буква о в корне слова колесо этимологически проверяемая.

Противоречие можно объяснить тем, что в толковании слова устный Вы не найдете слова уста. Морфемный словарь следует формальному критерию: если этимологически близкого слова нет в толковании, то корни будут разными. Как нам кажется, в случае со словом устный этим формализмом можно было бы пренебречь. Впрочем, Вы можете ориентироваться и на рекомендации словаря, почему нет?

Стол, столики, столовая – три разных слова. В задании требовалось изменить окончание слова стол, а не образовать новые слова. Изменила окончание только Аня (стол – столов), но и она не справилась с заданием, т. к. слово столов можно перенести только одним способом: сто-лов. Таким образом, Ваш сын ответил правильно: никто из ребят не справился с заданием.

Сочетание словарные слова широко употребляется в школьной практике, оно зафиксировано, например, в «Школьном лингвистическом словаре» А. М. Лемова и некоторых других источниках. Так что ошибочным его считать не следует. Под словарными словами понимают слова, написание которых не подчиняется какому-либо орфографическому правилу, вследствие чего такие слова нужно запоминать или справляться об их правописании в орфографическом словаре.