Вы правы. Номер дома и здесь является уточнением к названию улицы.

1. Да, такое правило существует, оно подробно описано в "Русской грамматике" (М., 1980). Если кратко, то форма на -У для ряда слов второго склонения соответствует "местному" значению предложного падежа (где - в лесу, в порту, на дому).

2. Это винительный падеж. Цитируем "Русскую грамматику":

Во мн. ч. последовательно выражается принадлежность слов к лексико-грамматическому разряду существительных одушевленных или неодушевленных (см. § 1129). Исключение составляют формы вин. п. одушевленных существительных муж. и жен. р., совпадающие с формой им., а не род. п. мн. ч., в таких сочетаниях, как 1) выбрать в депутаты, поступить в машинистки, пойти в летчики; 2) играть в казаки-разбойники, в дочки-матери, в кошки-мышки.

Примечание. В том случае, если слово, называющее лицо, во мн. ч. не употребляется как название игры, то в сочетании с глаголом играть употребляется форма вин. п., совпадающая с формой род. п., например: играть в казаки-разбойники, но играть в чапаевцев, в космонавтов.

При таком порядке слов запятая нужна. Однако лучше отделить приложение от определяемого имени знаком тире (...во главе с Колковым Михаилом Юрьевичем – заместителем губернатора Владимирской области, Кехтером Игорем Эриковичем  – заместителем директора Ассоциации малых туристских городов и Шаповаловой Екатериной – координатором проекта «Гастрономическая карта России» обсудят...) или поменять местами должность и имя (...во главе с заместителем губернатора Владимирской области Колковым Михаилом Юрьевичем, заместителем директора Ассоциации малых туристских городов Кехтером Игорем Эриковичем и координатором проекта «Гастрономическая карта России» Шаповаловой Екатериной обсудят...).

Запятую ставить не нужно, так как деепричастный оборот имеет тесную смысловую связь со сказуемым, он образует смысловой центр высказывания.  

Если со слова улица начинается предложение, то первая буква должна быть прописная. 

Такое употребление правильно. Глагол расстрелять многозначный. Расстрелять – это и подвергнуть расстрелу (=смертной казни) кого-либо, и подвергнуть кого-либо, что-либо сильному обстрелу; уничтожить, стреляя с близкого расстояния. Можно расстрелять здание, расстрелять корабль и т. д.

Лучше перестроить предложение: Согласовать оборудование контейнерной площадки, находящейся по адресу Невский пр., д. 63, дополнительными контейнерами.

Оба предложения безличные, но связь между частями в них разная. Поэтому и знаки препинания будут разные. Корректно: Захочу — уйду из дома. А я-то думала, кто-то готовит обед.