Вы верно заметили: в этом предложении союз но не связывает однородные члены либо части ССП. Здесь он образует так называемую конструкцию с вторичной союзной связью. В справочниках по пунктуации такие конструкции отнесены к присоединительным. 

В слове понять корень с чередованием я/им, ср.: понятый, понятный, понимать, понимание. Исторически по- является приставкой, при более этимологичном подходе к морфемному членению ее выделяют и сегодня, сопоставляя слова понять, понимать и унять, унимать, внять, внимать.

Для корней с чередованием а(я)/им/ем и а(я)/ин в орфографии есть правило. Его можно прочитать, например, в справочнике ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря». Там же можно найти множество слов с той же орфограммой. 

Корректно: звучит уже более 30 лет или звучит уже на протяжении 30 лет.

Мы упомянули только об одном случае потому, что он имеет отношение к приведённому Вами в вопросе примеру. Если говорить о русской пунктуации в целом, то, действительно, постановка запятой после слова однако в начале предложения может быть обусловлена более чем одной причиной. Спасибо за уточнение!

В орфографии, которой свойственен более этимологичный подход к членению слова на морфемы, в глаголе озарить выделяется корень -зар- (см., например, данные ресурса «Орфографическое комментирование русского словаря»). Это оправдано историческими связями глагола со словами заря, зарево, зарница, которые еще ощущаются носителями языка. В морфемике в глаголе озарять может выделяться и корень озар-, так как в современном русском языке он уже не имеет словообразовательных связей со словами с корнем -зар- (см., например, «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова).

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть. Постановка тире никак не мотивирована, тем более что и по смыслу части тесно связаны друг с другом: ...ставили археологов в тупик, пока не было обнаружено...

Да, тире здесь помогает логически выделить названия пищевых добавок. Можно рекомендовать, кроме того, отделить названия каждого из компонентов точкой с запятой (чтобы, например, показать, что экстракт плодов витекса священного не поясняет термин кальциевая соль стеариновой кислоты, а представляет собой отдельный компонент): Состав: агенты антислеживающие ‒ магния стеарат и кремния диоксид аморфный; экстракт зеленого чая; носитель ‒ микрокристаллическая целлюлоза; агент антислеживающий ‒ кальциевая соль стеариновой кислоты; экстракт плодов витекса священного; эмульгатор ‒ полиоксиэтилен (20) сорбитан моноолеат (твин 80); антиокислитель ‒ альфа-токоферол.

Вариант словосочетания с предлогом общеупотребителен. В технических описаниях продукции, в документах используются беспредложные обороты типа товары сроком годности (до десяти дней), паспорт сроком действия (на 5 лет). Очевидно, что выбор предложного и беспредложного варианта словосочетания может определяться стилистическими особенностями текста.

Знаки препинания расставлены верно.

Строение второй части этого сложного предложения заставляет видеть в сочетании более компактные и энергоэффективные согласованное определение, стоящее после определяемого слова нетбуки и имеющее пояснительно-конкретизирующее значение. Такие определения выделяются запятыми: ...а нетбуки, более компактные и энергоэффективные, идеальны для работы в интернете, просмотра фильмов или чтения электронных книг.