Верно: Всё это необходимо нам не только когда тяжело и плохо, а каждый день.
Запятая ставится.
Смысл предложения Они выполняли задание как в домашнем задании, подобную неясен. Оно содержит лексическую ошибку: выполняли задание как в задании.
Аналогия применима. Корректно: Нью-Йоркский метрополитен (собственное наименование), но нью-йоркское метро (передача разговорного употребления) – как Московский метрополитен (официально) и московское метро (неофиц.).
Запятая перед как не требуется.
Корректно слитное написание обоих слов.
Ударение ставится на первый слог. Если имеется в виду штраф, лучше говорить: пени (также с ударением на первый слог).
Можно объявить благодарность (например, в приказе), но написать благодарственное письмо (как документ).
Подобные названия духовно-рыцарских и монашеских организаций пишутся строчными: орден тамплиеров, орден госпитальеров, орден рыцарей-госпитальеров, орден бенедиктинцев (но: орден Гроба Господня, орден рыцарей Храма; Ливонский орден, Тевтонский орден – собственные имена в составе названия пишутся с прописной). См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.