Правило гласит: " При выборе написания о или а в безударных глагольных корнях не следует использовать для проверки глаголы несовершенного вида с суффиксом −ыва (−ива). Например, для проверки безударной гласной в корнях глаголов броса́ть, топта́ть, смотре́ть, молча́ть следует привлекать такие слова и формы, как бро́сить, перебро́ска, разбро́с, то́пчет, смо́трит, смо́тр, мо́лча, умо́лкнуть, но не глаголы типа набрасывать, вытаптывать, рассматривать, умалчивать, для которых характерно чередование гласных о – а (ср. зарабо́тать – зараба́тывать, усво́ить – усва́ивать и т. п.)".

При анализе структуры слова результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным. Это связано с тем, что анализ может быть:

1. словообразовательным и собственно морфемным;

2. синхроническим и диахроническим.

Чтобы понять, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, необходимо внимательно ознакомиться с предисловием и теоретической частью словаря.

Членение замет-н-ый представлено в «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова. Прилагательное заметный в этом словаре рассматривается как мотивированное непроизводным (с точки зрения современного, состояния языка) глаголом заметить. По сути, в этом словаре в слове выделяется не корень, а непроизводная основа слова, которое находится в вершине словообразовательного гнезда. Непроизводным глагол заметить считается в связи с утратой семантической связи с исторически производящим для него словом метить.

Однако словообразовательная непроизводность в современном языке не исключает возможность членения при собственно морфемном анализе. Поэтому в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой в слове заметить выделяется приставка за- и корень -мет-.

В этимологических словарях, демонстрирующих диахронические процессы образования и изменения слова, глагол заметить обычно отсылает к словарной статье производящего слова метить, подтверждая историческую членимость приставочного глагола (см., например «Этимологический словарь» М. Фасмера).

Да, именно так.

В зависимости от типа анализа структуры слова членение может быть разным.

При собственно морфемном анализе (разбор слова по составу в школьной терминологии) в слове подозрение выделяется приставка подо-, см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой и «Школьный словарь строения слов русского языка» З. И. Потихи.

Словарь А. Н. Тихонова является словообразовательным. При синхроническом словообразовательном анализе учитываются живые семантические связи в современном языке. Этимологически слово подозрение связано с исчезнувшим глаголом подозреть, который был образован от глагола зреть с помощью приставки подо-. В современном языке живые семантические связи между словом подозрение и глаголом зреть отсутствуют, поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка подо- не выделяется.

Слово щепотка исторически связано с щипать, эти слова описываются сейчас орфографистами как имеющие корень с чередованием. Щепотка при таком описании оказывается исключением, написание следует запомнить. 

См. подробнее:

Русское правописание с комментариями. В 4 книгах. Кн. 1. Употребление гласных и согласных букв в русском письме / Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова, Е. В. Арутюнова ; [рецензенты д-р филол. наук Н. Д. Голев, д-р филол. наук Н. Б. Кошкарёва]. – Москва : Издательский центр «Азбуковник», 2023. – 284 с. – ISBN 978-5-91172-241-8. – Электрон. копия печ. публ. доступна на сайте «Академос». С. 164—168.

Вы правы, в глаголе понимать и в производном от него существительном понимание (именно это существительное входит в задание) корень с чередованием. См. соответствующую словарную статью в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

В существительном ложка не выделяется суффикс -к-, потому что это слово не образовано ни от какого другого слова современного русского языка с помощью суффикса -к-. То же касается слов кружка, шишка: они не образованы ни от каких других слов с помощью суффикса -к-. Во всех этих слова -к- – часть корня.

В существительном кошка выделяется суффикс -к-, потому что это слово образовано от слова кот с помощью данного суффикса (происходит чередование т//ш).

Слово комочиться — разговорное, относительно новое, образовано от слова комок, означает 'свертываться в комок, комки'. Так говорят о веществах, в составе которых появляются комки (лак комочится, каша начинает комочиться), о людях и животных, уютно свернувшихся в комок.

Корректно в им. п.: три целых и две десятых. Выбор падежной формы определяется традицией и обусловлен, вероятно, влиянием числительных пять, шесть, семь и т. д. (целых, десятых).

Оба варианта грамотны.