Мужские и женские фамилии на -а, -я неударное, как правило, склоняются (песни Булата Окуджавы, прогнозы Павла Глобы, фильмы Анджея Вайды).

В данном предложении запятая между союзами "но" и "когда" ставится потому, что здесь имеется сочетание сочинительного союза "но" с подчинительным союзом "когда".  Внутри второй части предложения "Он продолжал путь, но... неожиданно шина свистнула и осела" находится придаточное времени "когда оставалось всего двенадцать верст". Запятая разделяет главное и придаточное предложения. 

В предложении "Просьба исключить опоздания" запятая после слова "просьба" не требуется. 

Запятая после фразы "по мнению" необходима.  

Проясните, пожалуйста, свой вопрос. Знаки препинания ставятся не "при слове", а в грамматической конструкции. 

Более целесообразно выделить вставную конструкцию скобками: И новый председатель совета Иван Семёнович Ярошенко, которого легко узнавали по форме авиатора (он работал в Надымском авиапредприятии), говорил от имени воевавших. 

Сочетание ООО «Газпром добыча Надым», как поясняющую конструкцию, необходимо выделить парными тире: И в 2000 году проверенному дочернему предприятию, имеющему бесценный опыт освоения, — ООО «Газпром добыча Надым» — было доверено обустройство и разработка Бованенковского месторождения.

Необходимо уточнить, в каком значении здесь употреблено слово дополнительно. Если это наречие, зависящее от глагола указывать, его нужно переместить к этому глаголу, изменив порядок слов: При подготовке актов экспертизы в дальнейшем рекомендуется дополнительно указывать наименования продукции... Если слово дополнительно употреблено в значении дополнительно сообщаем, его нужно заменить этим выражением и сформулировать сложноподчиненное предложение: Дополнительно сообщаем, что при подготовке актов экспертизы в дальнейшем рекомендуется указывать наименования продукции... В любом случае обстоятельство при подготовке актов экспертизы (в дальнейшем) не требует обособления.

Такое вполне возможно. Существительное штаны некоторые словари полагают разговорным, но другие смягчают эту стилистическую помету до неофиц. 

Это синкретичный распространитель, совмещающий признаки обстоятельства и дополнения. Можно сказать, что это косвенное дополнение с обстоятельственным оттенком.