Если предложение нельзя редактировать, то нужно разделить его на два: Поэтому надо правильно понимать: ты работаешь в «Метрополисе», или «Пятёрочке», или другой организации. Не путаться самому и не путать других.

Предложение приведено не полностью, поэтому рекомендацию по его пунктуационному оформлению дать затруднительно.

Предложение соответствует нормам синтаксиса русского языка.

Это конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом (если восстановить соотносительное слово, постановка запятой не вызовет сомнений: Приземляйтесь там, где получится). В пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится, что в таких конструкциях запятая ставится, «однако при отсутствии интонационного отделения» не ставится, например: Найдите мне кто вяжет. Предложение Приземляйтесь где получится прочитывается без паузы, так что запятая в нем не нужна.

В словарях сочетание в том числе представлено лишь как присоединительный союз, который имеет значение «включая что-либо, кого-либо» и употребляется в предложениях типа Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В приведенном Вами предложении это сочетание имеет другое значение — «не только, но и». В таком значении сочетание в том числе сегодня активно употребляется в текстах публицистического и официально-делового стилей, и едва ли его можно назвать ошибочным, несмотря на отсутствие в словарях. 

В приведенном предложении обособление сочетания в том числе не требуется. См. также ответ на вопрос 311098.

Предлог свыше в такой конструкции делает ее аграмматичной, поскольку он требует от существительного формы родительного падежа, а глагол помочь — формы дательного падежа. Рекомендуется отредактировать предложение: Мы помогли более чем двум тысячам детей в сложной ситуации; Мы поддержали свыше двух тысяч детей в сложной ситуации.

Рекомендуемый вариант: Они неразделимы, знаю точно, — как тело и душа, что в нём поёт. В этом случае знаю точно — вводное предложение. Сравнительный оборот образует присоединительную конструкцию.

В приведенном предложении составное именное сказуемое не является доказательством, в котором не является — связка, доказательством — именная часть.

Ваш вариант постановки знаков препинания в этом предложении абсолютно корректен. 

Возможный вариант: «Исполнитель предоставляет Заказчику актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения, в том числе входящие в их состав актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения. Актуализированные схемы водоснабжения и водоотведения и актуализированные электронные модели систем водоснабжения и водоотведения по составу и содержанию должны соответствовать Правилам и Требованиям, утверждённым постановлением Правительства России от 05.09.2013 № 782, а также требованиям настоящего технического задания».