Приведеннные Вами примеры оформления чисел в учебных пособиях (445 594 мирных жителя, но оказались 810 тыс. советских военнопленных) вполне корректны.

Оборот с союзом как следует обособить, так как он имеет дополнительное обстоятельственное значение: как фундаментальная наука = «поскольку это фундаментальная наука». 

В этом предложении приложение с союзом как нужно обособить: оно имеет отчетливое обстоятельственное значение уступки (=«хотя он руководитель высокого ранга»).

Приложение с союзом как нужно обособить, если у него есть значение причины: как главному по этим вопросам = 'поскольку он главный по этим вопросам'.

В этом предложении оборот с производным (непервообразным) предлогом в случае нужно обособить, чтобы обозначить его границы. Без обособления возникает сочетание необходимости дополнительной информации.

Вот что было сказано в ответе:
«Любое предложение с однородными сказуемыми может быть охарактеризовано и как осложненное простое, и как сложное. Случаи, когда сказуемые не распространены (или мало распространены), предпочтительнее характеризовать как простые осложненные предложения (Иван споткнулся и чуть было не упал; Иван не читал книгу, а мечтал). Напротив, случаи, когда каждое из сказуемых значительно распространено (в примере про смерч у каждого из них есть собственный детерминант: Внутри смерчевого столба; по краям) и, в сущности, описывает отдельную ситуацию, предпочтительнее трактовать как сложные предложения».

Понятия «сложного неполного предложения», как видите, в ответе нет, потому что такого понятия вообще не существует. Это первое.

Второе. В ответе сказано, что трактовка предложения как сложного является предпочтительной; в нем нет однозначного утверждения, будто предложение следует трактовать только как сложное.

То же самое можно сказать и о предложении Осенью и зимой озера пересыхали, а весной вновь наполнялись водой. Что же касается составителей контрольно-измерительных материалов для ОГЭ и ЕГЭ, то о мотивах их действий и нужно спрашивать их. Портал «Грамота.ру» составлением этих материалов не занимается, а составители к Грамоте за консультациями не обращаются. У нас претензий к тому, что они делают, много, но они подчиняются не Грамоте, не Академии наук, не какому бы то ни было научному совету и т. п., а министерству…

Кстати, рекомендуем Вам повторить спряжение глагола сеять.

Необходимо обособить поясняющий оборот: Наиболее распространенная операция в современной офтальмологической практике — факоэмульсификация катаракты — также является фактором риска для развития регматогенной отслойки сетчатки.