Запятая перед тире нужна, чтобы закрыть придаточную часть что бронирование раздельное. Впрочем, между частями бессоюзного сложного предложения гораздо более уместным будет поставить двоеточие, поскольку во второй части названа причина того, о чем говорится в первой: Вероятно, это связано с тем, что бронирование раздельное: авиакомпании разные.
Двоеточие не требуется.
Слова при этом не нужно выделять запятыми.
В том числе – союз. Отделяются или выделяются запятыми синтаксические конструкции, присоединяемые этим союзом. Сам по себе союз не выделяется запятыми. Подробные рекомендации см. в «Справочнике по пунктуации».
См. "Справочник по пунктуации".
Запятая ставится.
Правильно: указывает на то, что...
Правильно: притом, союз (он работает и притом учится), но местоим. при том (при всём при том).