С собственно языковой точки зрения в этом нет ошибки: ведомство — родовое наименование в отношении слова министерство. Однако в структуре российской исполнительной власти министерства обычно отграничивают от ведомств. К последним относят такие органы исполнительной власти, как агентства, службы, комитеты и др.

Написание в кавычках со строчной буквы корректно. 

Орфографически верно: трек, трекинг, трекинговый. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Написание с одной буквой к соответствует нормам русского письма (см. подробное объяснение в ответе на вопрос № 262066).

Запятая обязательна: деепричастный оборот обособляется. Проблема решается очень просто: добавьте слова тем самым в предложение. Подписав соглашение, собственники тем самым выразили...

Это вопрос делопроизводства, он не связан с русским языком. Тем не менее постараемся ответить. Типовая инструкция по делопроизводству в федеральных органах исполнительной власти указывает: оттиск печати должен захватывать окончание наименования должности лица, подписавшего документ. Речь идет о печати федерального органа исполнительной власти, но, думаем, это положение применимо ко всем организациям.

В приведенных случаях приложения неоднородны: существительное депутат обозначает выборную должность в представительном органе власти и связанный с этой должностью статус лица, сочетания типа руководитель фракции или председатель комитета указывают на функции этого лица внутри представительного органа власти. Соответственно, запятая между приложениями не требуется: Председатель рабочей группы депутат И. И. Иванов сообщил, что...

Такого органа – Федеральная служба юстиции – в нынешней структуре федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации не существует. Есть Министерство юстиции Российской Федерации (Минюст России), в структуре которого – Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН России) и Федеральная служба судебных приставов (ФССП России).

Ни один из органов исполнительной власти России не имеет сокращения ФСЮ. Возможно, речь идет не о властной структуре? Или о властной структуре в какой-либо другой стране (не России)?

Если речь идет о высшем органе государственной власти в СССР, правильно: Верховный Совет.

Если речь идет о современных органах власти в некоторых субъектах Российской Федерации, наблюдается противоречие между рекомендациями орфографических словарей (Верховный совет, Государственный совет) и употреблением в официальных текстах (Верховный Совет, Государственный Совет). Например, орфографический словарь «Прописная или строчная?» В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой (М., 2011) фиксирует: Верховный совет Республики Хакасия, Государственный совет Республики Коми, но в официальной речи слово совет в этих названиях тоже пишут с большой буквы.

Заглавная и прописная буква – это одно и то же (большая буква). Маленькая буква называется строчная.

Слово храм 'архитектурное сооружение' пишется со строчной, например: храм Всех Святых, храм Христа Спасителя. Прописная буква – в таком контексте: орден рыцарей Храма.

Слово государственный пишется с прописной буквы, если является первым словом в названии органов власти, учреждений, организаций, научных, учебных, зрелищных заведений; наград, символов и т. п, например: Государственная Дума, Государственная Третьяковская галерея, Государственный фонд кинофильмов РФ, Государственный институт русского языка им. А. С. Пушкина, Государственный флаг РФ (в офиц. текстах), Государственная премия. В остальных случаях правильно написание со строчной, например: Единый государственный экзамен, Московский государственный лингвистический университет, государственное унитарное предприятие, органы государственной власти.

Аналогию между Госдумой и Российской Федерацией проводить не следует, поскольку написание названий государств и написание названий органов власти регулируются разными орфографическими правилами. В названиях государств с прописной буквы пишутся все слова (кроме служебных); в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума (но Совет Федерации, здесь Федерация – имя собственное, т. к. выступает вместо сочетания Российская Федерация). Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Государственная Дума и Федеральное Собрание.

Сокращения Госдума и Совфед могут быть использованы при неофициальном употреблении, например в прессе, в обиходной речи, но, разумеется, недопустимы в официальных текстах.