Строчными буквами пишутся только очень немногие аббревиатуры, давно существующие в языке и воспринимаемые многими уже не как аббревиатуры, а как обычные слова: дот (от долговременная огневая точка), вуз, ссуз, загс (написание ЗАГС тоже правильно) и некоторые другие.  Подавляющее большинство аббревиатур пишутся прописными буквами. Правильно: ПИФ.

Второй вариант (с разделением на предложения) предпочтителен: в этом случае коммуникативные характеристики двух частей не конфликтуют друг с другом, а потому текст легче воспринимается.

Гипер... может быть приставкой (тогда после нее пишется ъ) или первой частью сложного слова (тогда ъ не пишется). О причинах отсутствия ъ в слове гиперядро пишет ведущий научный сотрудник ИРЯ РАН, член Орфографической комиссии РАН Е. В. Бешенкова:

«Словарный формант гипер в абсолютном большинстве слов является приставкой, что соответствует его этимологии. Например, в слове гиперъяркий это приставка (‘гипер’+‘яркий’), поэтому здесь пишется буква ъ (после приставки на согласный перед йотированными буквами, передающими сочетание звуков «[j] + гласный»). А в слове гиперядро первая часть гипер является сокращением от гиперон, то есть это сложносокращенное слово, а не слово с приставкой (иначе оно означало бы ‘сверхъядро’). Поэтому по правилам разделительный твёрдый знак здесь не пишется (ср. госязык, детясли, иняз, Минюст, спецеда). В словах же гиперизм (ошибка, обусловленная гиперкорректным произношением), гиперон (ср. барион, протон…) гипер – это корень.

Вот такой многоликий гипер. Поэтому-то его и нельзя рассматривать как обычную иноязычную приставку (в ряду ад-, аб-, диз-, ин-, интер-, кон-, контр-, об-, пан-, суб-, супер-, транс-), после которой перед е, ё, ю, я следует писать ъ».

Мы Вас вполне поняли. Однако парфюмированной является не сама линейка, а входящие в ее состав средства. Поэтому корректно: линейка парфюмированных гелей и т. п. 

После подлежащего жизнь на месте пропущенного сказуемого возникает естественная пауза, которую уместно обозначить с помощью тире.

Выноска (шрифтовое и абзацное выделение текста) по сути дублирует функцию кавычек, поэтому кавычки ставить не требуется. А вот знак конца предложения нужен, им может быть точка или иной знак.

Лишнее слово - без кавычек.

Мы не можем ответить на вопрос, поскольку не знаем ни сути просьбы, ни правил, принятых в организации. Можно только сказать, что официальные письма должны содержать всю необходимую информацию, быть максимально ясными и исключать недопонимание.

Особое (высокое) стилистическое употребление по сути означает проявление воли автора текста (т. е. прописные буквы используются, когда автор ставит перед собой соответствующую стилистическую задачу - особо выделить то или иное слово, употребленное в высоком значении).

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Ваш вопрос (Является ли обувь одеждой?) энциклопедический по своей сути и предполагает обращение к справочно-энциклопедической литературе и нормативным описаниям. Словарные толкования — в соответствии с задачами конкретного лексикографического издания — описывают смысловые признаки слов, а не содержание понятий.