Кавычки не нужны.
Омонимы – слова одной и той же части речи, имеющие одинаковое звучание, написание и грамматическое оформление, но разное значение. Если между значениями многозначного слова прослеживаются смысловые связи, основанные на разных типах переноса наименования, то у омонимов значения не связаны между собой, у них нет общих смысловых компонентов (в отличие от разных значений многозначного слова). Омонимы являются разными словами.
Пожалуйста, обратитесь к статье Владимира Владимировича Лопатина "Из истории реформирования русского правописания": 15">http://www.gramota.ru/biblio/magazines/gramota/orthografia/2815
Запятая ставится между частями сложного предложения. Однако следует отметить, что стилистически фраза построена неудачно.
Звуки, обозначемые буквой Г, в этих словах различаются по твердости и мягкости.
