Пунктуация верна.

Если предложение приведено полностью, запятая не нужна. Оборот с как выступает здесь в роли сказуемого.

Запятая не ставится, т. к. невозможно изъять из предложения придаточную часть когда наконец понял, где находится. 

Прошли экспертизу запасы или материалы? К чему относится "на 1 января" - "запасы на 1 января" или "прошедшие на 1 января"? В зависимости от ответов на эти вопросы нужно решить, где закрывать причастный оборот и как строить фразу.

Запятая требуется, поскольку в данном случае оборот с союзом как выражает сравнение и представляет собой неполное предложение, сравним: Грузию нужно избавить от партии Саакашвили, как [организм избавляют] от опухоли, заявил основатель...

Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.

Такие слова не склоняются.

Дополнительные знаки препинания в Вашем предложении не нужны. Обратите внимание: следует писать в отсутствие

Запятая нужна.