После последнего однородного члена предложения, присоединяемого противительным или подчинительным союзом и не заканчивающего собой предложения, запятая не ставится, т. е. он не обособляется: Однако именно слово, а не звук, не морфему и не предложение мы воспринимаем как центральную единицу языка.

Слово действительно может быть выделено как вводное, если оно выражает уверенность говорящего в сообщаемом, употребляется для подтверждения, признания правильности сказанного ранее. Если действительно выступает в роли члена предложения в знач. 'на самом деле; подлинно', запятые не нужны. Решение принимает автор текста.

Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения, то оно не отделяется от него знаком препинания, то есть запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом. Запятая после по сути не требуется.

Ситуация неоднозначная. Полагаем, что лучше запятую не ставить, рассматривая данное сочетание как соединение двух фразеологизмов (ср.: око за око, зуб за зуб). Все компоненты фразеологизма в пунктуации учитываются как один член предложения; соответственно, два члена предложения, соединенные союзом и, запятой не разделяются.

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: "Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь" (Полонский) и "Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу" (Фет).

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: «Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь» (Полонский) и «Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу» (Фет).

Деепричастный оборот не обособляется, если выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством. Однако в Вашем случае обстоятельство в связи с вышеизложенным может обособляться. Кроме того, запятая требуется для смыслового выделения достаточно длинного деепричастного оборота. Поэтому мы рекомендуем поставить запятую после слова дисциплины.

Корректно: В ответ на письмо В.М. Борисова и принимая во внимание письмо Ю.В. Александрова направляю Вам для подписания договор, скорректированный с учетом замечаний ранее перечисленных лиц.

Запятая после деепричастного оборота не ставится, так как деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством.

Вводное слово, находящееся в начале обособленного члена предложения, не отделяется от него знаком препинания: Многие моменты, о которых мы говорили, например о важности получения высшего образования, нашли отражение в концепции. См. параграф 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).