Большинство орфографических словарей и справочников не предлагают особого написания для слова сине-зеленый в его терминологическом значении. Однако в словаре Б. З. Букчиной «Слитно? Раздельно? Через дефис?» (М., 1999) зафиксировано слитное написание прилагательного в сочетании синезеленые водоросли.

Существительное пограничье относится ко 2-му склонению. Оно стоит в форме предл. падежа ед. ч. В этой форме существительные 2-го склонения имеют окончание -е. Ср.: на столе, на копье. Поэтому корректно: на дальнем пограничье.

Однако отметим, что в художественной, особенно поэтической, речи  (обычно при предлоге в) допускается написание форм предл. п. существительных сред. рода на -ье с окончанием -и, напр.: В молчаньи шел один ты с мыслию великой (П.); Подвиг есть и в сраженьи, / Подвиг есть и в борьбе. / Высший подвиг — в терпеньи, / В любви и мольбе (Хом.); И снег соперничал в усердьи/ С сумерничающею смертью (Б. Паст.). Под ударением окончание предл. п. -и отмечается только у одного слова на -ье: забытьё — в забытьи́. См. Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006.

К сожалению, на Ваш вопрос невозможно ответить в рамках справочного жанра.

Употребление слова нехорошо в функции сказуемого в значении 'о плохом самочувствии, о тяжёлом физическом или душевном состоянии' не требует постановки кавычек: мне нехорошо.

Сочетание советские войска пишется строчными. Запятая перед как не нужна (как здесь в значении 'в качестве').

Оба сочетания правильны. Ср.: Когда корабль идет по одному направлению, то впереди его находится одна и та же струя; когда он часто переменяет направление, то часто переменяются и бегущие впереди его струи. Л. Толстой, Война и мир. По какой реке твой корабль плывет // до последних дней из последних сил? // Когда главный час мою жизнь прервет, // вы же спросите: для чего я жил? Б. Окуджава, По какой реке твой корабль плывет...

В справочниках по правописанию традиционно говорилось о различном пунктуационном оформлении оборотов с предлогом кроме в зависимости от того, имеет ли он значение исключения или включения (раньше обороты с предлогом кроме со значением включения знаками препинания не выделялись). Авторы процитированного Вами справочника, видимо, обнаружили подобную тенденцию и у оборотов с предлогом помимо (близком по значению к кроме).

Однако в настоящее время, как указывает полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. По этой причине сейчас нет смысла рекомендовать отражать на письме и различия в значениях оборотов с предлогом помимо (включение или исключение). Но важно разграничить употребление помимо в этих значениях и в значении 'не принимая во внимание что-либо, вопреки чему-либо', что и сделано в нашем справочнике.

Звук Ц всегда твердый, поэтому верно: про[цэ]сс.

Глаголы оговорить и обговорить различаются по значению и стилистической окраске. Глагол оговорить ('заранее условиться о чем-либо') стилистически нейтральный, глагол обговорить ('обсудить') – разговорный.

В нейтральном контексте в знач. 'о сроках поставок заранее условились': оговорены.

Все верно.