Запятые не нужны, однако предложение лучше перестроить: С целью контроля за соблюдением порядка использования радиочастотного спектра и радиоэлектронных средств Управлением (каким?) была направлена в Управление по Воронежской области филиала ФГУП ГРЧЦ в ЦФО заявка на проведение внепланового мероприятия по радиоконтролю. 

Да, в этом предложении сочетание в свою очередь указывает на то, что данная часть предложения связана по смыслу с предыдущей, и является вводным.

Подобные выражения сегодня широко используются, в том числе в средствах массовой информации, однако с точки зрения норм словоупотребления их трудно признать удачными. Следует: ИП прекратил деятельность; деятельность ИП прекращена.

Верно в именительном падеже: наём и заём. У слова "нанять" есть значение "взять что-л. за определённую плату внаём, во временное пользование", поэтому о квартирах можно так говорить.

Если определение относится к однородным членам и стоит после них, требуется форма множественного числа: Краткое перечисление основных помещений и (или) оборудования, необходимых для реализации проекта. Краткий перечень игрового, технического оборудования, экспонатов, мебели и проч., которые планируется закупить на средства гранта.

Во втором предложении слово который по смыслу относится не к слову перечень, а к словам оборудование, экспонаты, мебель.

Вероятно, имеются в виду средства воздушного нападения: Сегодня эту важную роль на себя взяли общие летательные аппараты (ЛА) или средства воздушного нападения (СВН), часть которых составляет авиация.  

Вы правы, в значении "капитал, средства" корректно: на деньги (ср.: учиться на медные деньги). На что куплю = на какие средства. В значении "металлические и бумажные знаки" - за деньги.

Кандидат – многозначное слово. Одно из значений Вы привели. В сочетании кандидат каких-либо наук слово кандидат употребляется во втором значении – 'младшая ученая степень, а также лицо, имеющее эту степень'.

Приведите, пожалуйста, более обширный контекст.