Запятые нужны.
В справочнике Д. Э. Розенталя сказано следующее. Обычно обособляются несогласованные определения, дополняющие или уточняющие представление о лице либо предмете, который сам по себе (без определения) достаточно конкретен, уже известен. В этой роли выступают имена собственные (они выделяют лицо-предмет из ряда подобных), названия лиц по степени родства.
Как раз скобками этот оборот и выделяется в таком случае. После слов "в том числе" запятая не ставится.
Большой толковый словарь
2. НИЩИЙ, -его; м. Человек, который живёт подаянием, нищенствует. Я знал одного нищего. Нищие с утра уже на паперти.<Нищая, -ей; ж. Нищенский (см.).
Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.
Суффикс -чк- существует. Это нерегулярная словообразовательная единица, выделяющаяся в имени существительном женского рода со значением предмета, который характеризуется действием, названным мотивирующим глаголом: тяну-ться —> тяну-чк-а. Суффикса -чн- в русском языке не существует. Буквосочетание чн входит в суффиксы прилагательных (тип-ичн-ый, цикл-ичн-ый, масл-ичн-ый и т. п.; карт-очн-ый, юрт-очн-ый, лент-очн-ый и т. п.) и существительных (Иль-иничн-а, Лук-иничн-а и т. п.).
Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.
Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).
Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...
Лучше: щит - эгиду, который...
Рыбий жир – это определенный продукт, который получают из печени рыб. Рыбный жир – это в целом жир рыб. Так что, если составители СанПиН имели в виду второе, ошибки нет.
Грамматически предложение составлено верно, но стилистически оно небезупречно. Лучше так: В который раз убеждаюсь, что отличный способ поднять настроение — определённые физические нагрузки.
То же самое пишется в три слова. Местоимение и частицу то же не следует путать с союзом тоже (который имеет значение "в равной мере, также").
