Да, это суффикс.
Пунктуация в предложении верна.
Сказуемое ставится как в форме единственного, так и в форме множественного числа, если собирательное существительное имеет при себе управляемое слово в родительном падеже множественного числа, но в последнее время явно наметилась тенденция к согласованию по смыслу, то есть сказуемое чаще ставится в форме множественного числа: Часть студентов уже сдали экзамены по специальности.
Пунктуация зависит от смысла. Подробное объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".
Корректно: он уже непригоден к употреблению.
Оба варианта не вполне корректны, следует перестроить предложение.
При словах тысяча, миллион, миллиард сказуемое обычно согласуется по правилам согласования с подлежащими-существительными, то есть ставится в единственном числе. Однако конструкции по образцу согласования с подлежащими – счетными оборотами также возможны, и сказуемое может иметь форму множественного числа, это не будет ошибкой.