Слова тем самым не обособляются.

Корректная пунктуация: Например, работники должны детально знать точки входа и выхода, с тем чтобы сводилось к минимуму время, проводимое в зонах облучения, и тем самым снижалось облучение.

1. Возможны обе формы: как множественного, так и единственного числа. Форму множественного числа следует употреблять, если нужно подчеркнуть, что определение относится к обоим существительным. В данном случае это необязательно. 2. Следует использовать союз чем, он выражает сравнение (меньше, чем...). Союз как сравнения не выражает.

Изменять структуру предложения можно.

Действительно, за последние годы литературная норма несколько смягчилась. Хотя и во времена СССР у многих слов были равноправные варианты постановки ударения, общая тенденция замечена Вами верно. В последние десятилетия произошла своего рода «демократизация» нормы: многое из того, что раньше запрещалось словарями, теперь стало допустимым, а иногда и предпочтительным. Причин тому несколько.
Во-первых, орфоэпические словари прежде были ориентированы не только на широкий круг носителей языка, но и (и даже в первую очередь) на дикторов радио и телевидения, в речи которых не должно было быть никакого разнобоя. Поэтому варианты в большинстве случаев не указывались; двоякое ударение в словах приводилось только тогда, когда при всем желании невозможно было отдать предпочтение одному из вариантов. Сейчас же многие словари стремятся отразить динамику литературной нормы, поэтому иногда в них приводятся как допустимые и такие варианты, которые еще не являются эстетически приемлемыми для всех носителей языка (например, дОговор, нет носок), но, несомненно, станут таковыми в будущем.
Во-вторых, изменилось отношение лексикографов к вариантности нормы. Вот, например, цитата из предисловия к орфоэпическому словарю русского языка 1959 года издания: «Наличие колебаний (вариантов) часто нарушает правильность речи и тем самым понижает доходчивость ее. Это особенно нетерпимо для различных форм устной публичной речи». Сейчас такая нетерпимость прошла; по мнению многих лингвистов, лексикографическая деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований» (К. С. Горбачевич).
Наконец, перемены в языке наступили вслед за переменами в общественно-политической жизни. Сейчас пришло понимание того, что следование норме включает в себя и умение выбирать соответственно ситуации речевого общения. Другими словами, наряду с однозначными правилами норма предполагает и возможность выбора. Это различие очень удачно сформулировал Б. С. Шварцкопф (в статье о кавычках) как различие между правилом и правом. Право на выбор (в том числе и выбор варианта языковой единицы) и признание права другого носителя языка на иной выбор – это важнейшая составляющая речевого общения.

Слова тем самым отдельно не обособляются.

Действительно, в приведенном примере корректно с точкой после каждого пункта. Варианты оформления перечня см. в ответе № 200437.

Тем самым - обстоятельство, запятыми не выделяется.

Учитель посчитал такой перенос ошибкой на основании  учебника С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации» (параграф 119, пункт 5).

Между инициалами рекомендуется ставить пробел, так как пробел - признак нового слова.