Очевидно, прилагательное гулкий («усиливающий звуки, имеющий сильный резонанс») употреблено здесь в прямом значении. Впрочем, постановка запятой также не была бы ошибкой, поскольку оба прилагательных в условиях приведенного контекста могут считаться синонимичными.

Выделенные слова соответствуют стилю предложения. Если стремиться уйти от канцелярского стиля, то нужно исправлять все предложение. Предлагаем такой вариант: Если нарушены условия хранения и повреждена кожура, то в овоще могут размножаться бактерии. 

Если имеется в виду, что решили отказаться от обработки, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработки... (отказе от обработки).

Если имеется в виду, что после отказа от «клише» решили обрабатывать документы в центральном офисе путем перехода на «чек» и электронные реестры, то верно: Решение об отказе от «клише» на первичных документах и их дальнейшей обработке... (решение об обработке).

Корректно: «Навигатор» позволяет выбирать на DVD фрагменты для воспроизведения, такие как, например, эпизоды, закладки или клипы. Для второго примера возможны варианты: Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и, таким образом, Вы можете легко изменять настройки (таким образом выделяем как вводное) и Он дублирует некоторые функции, имеющиеся на "Пульте" (например, движок регулятора громкости), и таким образом Вы можете легко изменять настройки (таким образом в значении «таким способом»).

Запятая перед и не нужна, т. к. этот союз соединяет однородные придаточные части сложного предложения и он одиночный (не повторяется).

Приводим выдержку о подобных фамилиях из "Справочника по правописанию и стилистике" Д. Э. Розенталя.

Фамилии, относящиеся к двум или нескольким лицам, в одних случаях ставятся в форме множественного числа, в других – в форме единственного, а именно:

1) если при фамилии имеются два мужских имени, то она ставится в форме множественного числа, например: Генрих и Томас Манны, Август и Жан Пикары, Адольф и Михаил Готлибы; также отец и сын Ойстрахи;

2) при двух женских именах фамилия ставится в форме единственного числа, например: Ирина и Тамара Пресс;

3) если фамилия сопровождается мужским и женским именами, то она сохраняет форму единственного числа, например: Франклин и Элеонора Рузвельт, Поль и Эсланда Робсон, Август и Каролина Шлегель, соратники Рихарда Зорге Макс и Анна Клаузен, Ариадна и Пётр Тур; Серёжа и Валя Брузжак, Нина и Станислав Жук;

4) в единственном числе ставится также фамилия, если она сопровождается двумя нарицательными существительными, указывающими на разный пол, например: господин и госпожа Райнер, лорд и леди Гамильтон; однако при сочетаниях муж и жена, брат и сестра фамилия чаще употребляется в форме множественного числа: муж и жена Эстремы, брат и сестра Ниринги;

5) при слове супруги фамилия ставится в форме единственного числа, например: супруги Кент, супруги Торндайк, супруги Ноддак;

6) при слове братья фамилия тоже обычно ставится в форме единственного числа, например: братья Гримм, братья Шлегель, братья Шелленберг, братья Покрасс; то же при слове сёстры: сёстры Пресс, сёстры Кох;

7) при слове семья фамилия обычно ставится в форме единственного числа, например: семья Оппенгейм, семья Гамалей.

В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина по поводу оборотов с предлогом кроме сказано следующее: «Оборот с предлогом кроме имеет два значения: а) одно совпадает со значением слов за исключением, т. е. имеет значение исключения из ряда подобных предметов: На всех берегах залива на протяжении сотен верст мною не было встречено ни одного человека, и, кроме горчайшей полыни и сухого бурьяна, я не сорвал ни одной травинки (Пауст.); Вершинин отправил луговиков в институт, всех, кроме Свиридовой, — ее он включил в высокогорный отряд (Зал.); б) другое — это обозначение включения в ряд подобных предметов: У Бунина, кроме блестящих, совершенно классических рассказов, есть необычайные по чистоте рисунки (Пауст.); Я слышал, кроме гудения мотора, еще несколько звуков (Пауст.).

В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись. Ср.: Кроме учителей на собрание пришли и ученики. — Кроме учителей, на собрание никто не пришел».

В соответствии с рекомендацией справочника в Вашем случае обособление нужно. 

Верно: в отличие от... им подобных. Конструкция такова: в отличие от (кого?) подобных (кому?) им.

Употребление кавычек – вопрос не грамматики, а правописания. Слово мышь кавычить не следует (у этого слова в словарях уже отмечено значение 'устройство, позволяющее вводить команды в компьютер помимо клавиатуры'; необычным оно не является), а вот мать надо заключить в кавычки.

Обособление не требуется.