Если а то -- это союз (значения союза а то см. в окне «Искать на Грамоте»), запятая не требуется.
Выберите второй вариант.
Это сложноподчиненное предложение с придаточным изъяснительным, которое предшествует главной части непонятно. При таком порядке частей можно поставить запятую, а можно — тире: Откуда взялось это сравнение — непонятно.
Это зависит от смысла. Без наращения (К 90 суткам) фраза читается так: К девяноста суткам. А с наращением (К 90-м суткам) так: К девяностым суткам.
Приведем словарную статью из Малого академического словаря: «ПШЮТ, -а, м. Разг. устар. Хлыщ, фат. Десять минут ожидания Татьяне Ивановне показались вечностью, особенно когда в ее уголок заглянули два ранних петербургских пшюта. Мамин-Сибиряк, Не мама. Выбритый, раздушенный, с закрученными кверху усами, лейтенант имел фатовый вид. Макаров поморщился, — он не переносил фатов и пшютов. Степанов, Порт-Артур».
Корректно: И непонятно, зачем она нужна Василию? И непонятно: зачем она нужна Василию?
Верно слитное написание.
Запятая ставится.
