Из приведенного Вами примера не вполне ясно, где границы цитаты и что именно в цитируемом документе подверглось сокращению. Если имеется в виду цитата из "Заявления Третьей Сессии Крымского областного Совета народных депутатов...", то верная пунктуация такова: "Указанные акты, преступно обвинив в предательстве целые народы, юридически закрепив их депортацию, посеяли горькие зерна недоверия между людьми разных национальностей, повлекли нарушение их конституционных прав. <...> Имея целью восстановление исторической справедливости и государственности Крыма, Крымский областной Совет народных депутатов заявляет..."

Первое из приведенных предложений нужно отредактировать: Говорят, что они первые поселенцы и что сам правитель прислушивается к их советам; другой возможный вариант: Говорят, они первые поселенцы и сам правитель прислушивается к их советам. Второе предложение нужно оформить так: Знаю, что все мы пленники и нами управляют, как марионетками.

Во всех четырех случаях здесь нужно писать частицу ни. Обратите внимание на лишнюю запятую в первом предложении. Правильно: Как бы он себя с ней ни вел и что бы она ни сделала...

Местоимения кто и что имеют только форму единственного числа.  

Да, такая инверсия вполне возможна в разговорной речи. 

Фрагмент уместно оформить без использования прямой речи, поскольку в нем важно передать общий смысл слов, а не дословно процитировать кого-либо. При этом нужно выделить запятыми придаточное предложение: На вопрос, может ли вода на Земле полностью высохнуть, учёные отвечали, что это возможно и что такой процесс займёт 24 миллиарда лет.

Правильно: Мы поздравляем вас с этим чудесным праздником, желаем вам прекрасного настроения, крепкого здоровья и чтобы всё то, о чем вы мечтаете, непременно сбылось! 

В этих случаях тире, сигнализирующее о неполноте главной части, заменяет собой запятую. Дополнительный знак ставить не нужно: Кто отвечает за порядок и что нужно сделать — в материале ИА «Свет»; Кто отвечает за порядок, что нужно сделать — в материале ИА «Свет».

Ощущение верное. Действительно, перед нами два однородных (относящихся к слову подскажем) придаточных, соединенных одиночным союзом и. В таких случаях запятая перед союзом не нужна (см. пункт 2 параграфа 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Запятая перед соединительными и разделительными союзами в сложносочиненном предложении не ставится, если в его состав входят вопросительные предложения: Это кто такие и что им надобно? (П.) — объединяет вопросительная интонация; Который теперь час и сколько времени осталось до отхода поезда?; Когда состоится конференция и какова повестка дня?; Вы придёте ко мне или мне прийти к вам?