Родовое слово "город" обычно употребляется в сочетании с топонимом "Москва" только в канцелярской речи. При этом предпочтительно согласование топонима: в городе Москве. В остальных случаях верно: в Москве.
Правильно: с лёта.
Название Худжанд склоняется: в Худжанде, из Худжанда. В сочетании с родовым словом это название можно оставить несклоняемым, т. к. оно является не самым известным (не исключено, что при склонении у читателя возникнет вопрос: в городе Худжанде – это город Худжанд или город Худжанда?).
Следует писать раздельно.
Верно: в городе Кеми.
Верно: в Арыси, жители города Арыси (см. словари).
Да, кавычки нужны. Во-первых, они указывают на синтаксическую несогласованность; во-вторых, показывают границы названия, состоящего из нескольких слов, разделенных запятыми.
Правильно: на въезд в город и проживание в нем (в городе).
См. «Письмовник».
Множество катаклизмов - правильно.
