1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!

2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.

Орфографический словарь

Слово ретро употребляется только в значении "относящийся к прошлому, обращённый в прошлое", поэтому корректно ретроградный Марс, ретроградный Меркурий. 

Слово эхо не употребляется во множественном числе и не имеет такой формы. Предложение следует перестроить, используя синонимы, например: ...двух отраженных сигналов.

Этимология названия усадьбы (объединены два топонима), его грамматические особенности (топонимы различаются по роду) и традиции употребления, отраженные в печатных источниках, предопределяют склонение первой части: жить в Пехре-Яковлевском, сведения о Пехре-Яковлевском, дорога на Пехру-Яковлевское. Рекомендуем прочитать статью «Как склонять по-русски составные топонимы».

Такое написание соответствует орфографическим решениям, недавно отраженным в «Академосе» (это орфографический ресурс Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). «Академос» сейчас предлагает писать упорядочена именно так, с одной н (и как краткое причастие, и как краткое прилагательное). Прежняя словарная рекомендация — писать краткое прилагательное упорядоченна с двумя н.

Запятая перед как возможна, но обязательной не является. См. ответ на вопрос № 282603.

«Глагол любит букву ё и ненавидит букву о» – эта фраза позволяет запомнить, что в глагольных формах и образованных от них словах пишется буква ё, а не о: в глагольных окончаниях (лжёшь, стрижёт, печём, толчёте), в глаголах несовершенного вида на -ёвывать и отглагольных существительных на -ёвывание (размежёвывать, выкорчёвывать, перекочёвывать, затушёвывать; размежёвывание, выкорчёвывание, затушёвывание); в страдательных причастиях на -ёванный (размежёванный, раскорчёванный, затушёванный); в отглагольных существительных на -ёвка (ночёвка, корчёвка); в суффиксах страдательных причастий и отглагольных прилагательных -ённ- и -ён- и в словах, производных от таких причастий и прилагательных (напряжённый, прожжённый, пропечённый, размягчённый, отрешённый, упрощённый; гружёный, жжёный, печёный, учёный, тушёный, вощёный; напряжённость, отрешённость, упрощённость, учёность, напряжённо, отрешённо, упрощённо, жжёнка, тушёнка, сгущёнка).

Постановка тире в подобных случаях связана с желанием подчеркнуть оттенок сравнения, содержащийся в сказуемом. Такая пунктуация не ошибочна.