Да, запятую надо поставить.
Местоимение она в творительном падеже имеет две формы: ею и ей. Однако некоторые словари трудностей считают форму ей всего лишь допустимой, и это вполне понятно: форма ей неоднозначна, она соответствует не только творительному, но и дательному падежу. Поэтому употребление этой формы может стать причиной неснятой многозначности: «Это было сказано ей очень громко». Сказано ею или сказано ей кем-то? Носителям языка форма ею кажется устаревающей, имеющей отношение к велеречивому и торжественному. Но пока это только одна из языковых тенденций, а норма все же остается прежней: для письменной речи корректна форма ею, в разговорной речи допустима форма ей.
Конструкции-повторы предложных сочетаний с формами местоименных слов пишутся без каких-либо знаков внутри: На чём на чём нам надо поехать?
Предпочтительно: Ну это еще неизвестно.
Однако при определенной интонации возможно и раздельное написание.
Правильно: пользователь интернет-банка.
Корректно: специалист с более чем 25-летним опытом.
С помощью нее - корректный вариант. О других сочетаниях предлогов и местоимений см. в "Письмовнике".
