Это сложное предложение, запятая ставится между его частями. Первое простое предложение в составе сложного: «Я знаю», второе: «Мероприятия внедряются».

Если слово с отрицанием оформилось как термин, называющий одну часть при дихотомическом делении целого, то корректно слитное написание. Ср.: существует два вида глагола — совершенный и несовершенный; определения могут быть либо согласованными, либо несогласованными; предложения по признаку распространенности — либо распространенными, либо нераспространенными.

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Корректно: два академических чáса, три последних чáса.

Нам ближе точка зрения Тихонова. Но если разбор нужен для выполнения школьного задания, то можно пользоваться любым источником, главное указать, по какому именно словарю сделан разбор. Остальное – не на совести ученика, а на совести составителей словаря.

Очевидно, что в метре 100 сантиметров (на это указывает часть слова санти...). При этом наличие в рубле ста копеек языковыми средствами не выражено. Это наиболее вероятная причина.

Правильно: ...с возможностью индексации ставки один раз в два года не более чем на 5 %.
 

Написание этих слов надо запомнить. Они являются исключениями и пишутся с двумя буквами н вместо одной, предусмотренной основными правилами. К исключениям, кроме слов невиданный, неслыханный, также относятся другие слова с приставкой не: неведанный, негаданный, нежеланный, нежданный, ненадёванный, неожиданный, нечаянный и (в составе устойчивого сочетания) недреманное око.

При ­сокращении таких имен до инициалов между ними ставится дефис, чтобы было понятно, что это инициалы составных частей ­единого целого: 
Анна Елена Ивановна Иванова — А.-Е. И. Иванова; Василий Владимир Вячеслав Иванович Иванов — В.-В.-В. И. Иванов.