Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.
Возможны оба варианта. См. словарную фиксацию.
Как можно судить по текстам в СМИ, слово инаугурация стало использоваться для обозначения торжественной церемонии вступления в должность глав регионов. Особенности современного словоупотребления находят отражение в словарях. «Церемония вступления в высокую государственную выборную должность» — так описывает одно из значений слова инаугурация «Большой академический словарь русского языка», издаваемый Институтом лингвистических исследований РАН.
Чтобы выразить нужный смысл, фразу придется перестраивать. Например: в 51 (пятидесяти одной) торговой точке, среди которых строительные магазины и рынки.
Эти конструкции равноправны, разницы в их употреблении нет.
Запятая ставится (между частями сложносочиненного предложения).
Правилен второй вариант.
Лучше: решение о назначении Иванова согласовано с кем-либо.