В живой речи слово город здесь лишнее: Я из Москвы. Если слово город употребляется, название согласуется с ним, т. е. склоняется: из города Москвы.
Правильно склонять: в городе Геленджике, города Геленджика.
Это сочетание подчиняется общему правилу: в городе Удачном, из города Удачного.
Название склоняется в сочетании с родовым словом: в городе Светлом, из города Светлого.
Слово город избыточно, лучше обойтись без него: в Москве и Казани (и так понятно, что это города). Если по каким-либо причинам без слова город обойтись нельзя, то корректно: в гг. Москве и Казани.
Название Худжанд склоняется: в Худжанде, из Худжанда. В сочетании с родовым словом это название можно оставить несклоняемым, т. к. оно является не самым известным (не исключено, что при склонении у читателя возникнет вопрос: в городе Худжанде – это город Худжанд или город Худжанда?).
Спасибо, мы переадресовали Ваш вопрос составителям словарей. Похоже, дело в том, что ударение в этом топониме менялось на протяжении ХХ века: в прошлом в названии города ударение ставилось на втором слоге (об этом свидетельствует название речки, протекающей через город, — местные жители называют ее Вели́жкой), однако во второй половине прошлого столетия велижане стали произносить название города иначе, с ударением на первом слоге.
А в чём сложность? Склонение этих названий ничем не отличается от изменения по падежам других существительных второго (по школьной грамматике) склонения: Севастополя, Севастополю; города Севастополя, городу Севастополю.
