Правильно: не-е-ет, написание без дефисов нарушает письменную норму. Для передачи произношения по слогам с разными целями, для передачи протяжного звучания гласных, раскатистого р и других особенностей произношения используется дефис. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 113.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Верная пунктуация: Из-за меня как-то трудно представить, чтобы кто-то страдал.

Возможен вариант с двумя тире: Главный герой – Евгений Базаров – учится на доктора.

Написание регулируется правилом о правописании суффиксов причастий.

Запятая не ставится.

Написание варьируется и зависит от того, обращаетесь ли Вы к пользователю персонализированно (как, например, "Справочное бюро" отвечает Вам лично на Ваш вопрос) или к группе пользователей.

Благодарность за "негласно согласные" передадим Максиму Кронгаузу. Спасибо, что Вы с нами!