Знак вопроса не нужен, так как предложение начинается с глагола в повелительном наклонении и является побудительным (от этого глагола зависит придаточное изъяснительное с союзным словом как): Объясни, как Жуковский повлиял на творчество Пушкина.

Вы правы: если придаточная часть состоит из одного союзного слова, запятая не ставится. А вот если при союзном слове имеется частица (в нашем случае – именно), то постановка запятой факультативна. Окончательное решение принимает автор текста.

Правило звучит так: не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо и т. д. (обычно повторяющийся).

Вы верно заметили: в этом предложении союз но не связывает однородные члены либо части ССП. Здесь он образует так называемую конструкцию с вторичной союзной связью. В справочниках по пунктуации такие конструкции отнесены к присоединительным. 

Это изъяснительное придаточное предложение, и его нужно выделить запятыми. В «Русской грамматике» 1980 г. указано, что союз или при выражении изъяснительных отношений принадлежит к числу «союзных средств, относящихся к сфере вопроса».

Это сложноподчиненное предложение с придаточным присоединительным. Союзное слово что (в данном случае — с предлогом и в родительном падеже) вмещает в себя содержание главной части. Бессоюзным предложение станет, если заменить после чего на после этого.

Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.