Дело в том, что Алматы – казахское название города. Русское название (фиксируемое в словарях русского языка и употребляемое в речи) – по-прежнему Алма-Ата. Поэтому по-русски правильно только так: Алма-Ата расположена.
Если всё-таки нужно употребить в русском тексте казахское название Алматы, можно воспользоваться общим правилом: род несклоняемых существительных, обозначающих географические названия, определяется по роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. В данном случае это слово город (мужского рода), поэтому можно написать: Алматы расположен.
В принципе может быть вводным словом (и выделяться запятыми) и выступать в роли обстоятельства (и не выделяться запятыми). Постановка знаков препинания зависит от интонации и смысла.
После поэтому запятая нужна. Если слова как только возникла проблема относится к обеим следующим частям предложения, вторая указанная запятая не ставится. Если только к части церковь стала на него реагировать -- ставится.
Буква Ы в слове изымать пишется в соответствии с общим правилом: при сочетании приставки, оканчивающейся на согласный, с корнем или с другой приставкой, которые начинаются с и, пишется, согласно c произношением, ы. Однако в слове взимать ы не произносится, произносится и, поэтому и пишется и. Таким образом, здесь написание полностью отражает произношение. Это один из немногих случаев, когда орфограмма основана на фонетическом принципе (как слышится, так и пишется).
Корни в парах равн-ровн и мак-мок исторически восходят к одному корню, значения их дифференцировались, однако процесс этот не завершен. Есть слова-исключения и слова, в которых совмещается значение, свойственное обоим корням. Подробнее на Ваш вопрос отвечает статья Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой, О. Е. Ивановой «Корень с чередованием равн-/ровн- (из материалов академического описания русской орфографии)» (журнал «Русский язык в школе». 2020. Т. 81. № 6. С. 90–96).
Сказуемые вошел (в роль) и стал поучать образуют тесно связанную по смыслу пару, которая соединена союзом и со сказуемым посмотрел, а в таких случаях запятые не ставятся. Слово наконец является здесь обстоятельством, обозначающим «в конечном итоге, после всего» (кстати сказать, оно относится к обоим образующим пару сказуемым) и не выделяется запятыми: Он посмотрел на участников спора и наконец снова вошел в роль победоносного маршала и стал поучать.
Академический орфографический ресурс «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН в 2020 году зафиксировал дефисное написание гендерно-нейтральный, что на тот момент полностью соответствовало узусу (бывают случаи, когда узус для данного конкретного слова подавляет общее правило). Но слово осваивается в языке, раздельных написаний (по правилу) становится всё больше, и сейчас орфографисты предлагают писать гендерно нейтральный раздельно, в соответствии с общим правилом. Рекомендация «Академоса» для гендерно нейтральный и гендерно специфичный изменена, зафиксировано раздельное написание.
Корректно: Спустя три месяца деньги стали заканчиваться и начали приходить повестки из военкомата — в итоге Александр подписал контракт (судя по всему, обстоятельство спустя три месяца относится к обеим грамматическим основам, соединенным союзом и). Без воды, без еды — думал, умру (тире выражает отношения следствия в бессоюзном сложном предложении). Александру было очень страшно, он хотел покинуть позицию, но знал, что его ждёт в этом случае. «Я сейчас буду идти, и меня расстреляют свои».
Доверять можно обоим словарям. Важно помнить, что у них разный адресат и разные цели. «Русское словесное ударение» – словарь, адресованный в первую очередь работникам эфира. В словарях, адресованных работникам радио и телевидения, в подавляющем большинстве случаев варианты не даются, выбирается только один вариант, рекомендуемый для эфира.
Что касается ударения в слове обнял: предпочтительно обнял (поэтому этот вариант рекомендуется для употребления в эфире), но допустимо (т. е. менее желательно, но тоже правильно) и обнял (поэтому этот вариант есть в орфографическом словаре).
Следуя только формальному принципу, ответим, что запятая перед союзом и не нужна, потому что обстоятельство утром относится к обеим частям сложносочиненного предложения. Принимая во внимание смысл, скажем, что отношения между частями не соединительные, а сопоставительные (мы приготовили безе, а пирог испекла, судя по всему, бабушка), поэтому в предложении уместен союз а, а не и (запятая перед союзом а ставится в любом случае): Утром мы испекли тающие во рту воздушные безе, а Василий принес от бабушки вишневый пирог.
Можно запомнить правило: в литературном русском языке глагол ложить употребляется только с приставками (положить, доложить, переложить) или с постфиксом -ся (ложиться) а глагол класть – только без приставок. В настоящем времени: я кладу, ты кладёшь, он кладёт – правильно. Я ложу, ты ложишь, он ложит – неправильно. И наоборот, в будущем времени: я покладу, ты покладёшь, он покладёт – неправильно; я положу, ты положишь, он положит – правильно.