См.  в учебнике С. Г. Бархударова «Правила русской орфографии и пунктуации».

Точка необходима, если формально следовать правилу сочетания кавычек и других знаков, которое гласит: «Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный/восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется. Неодинаковые же знаки, если они требуются по условиям контекста, ставятся и после закрывающих кавычек». Ср. в «Справочнике по русскому языку» Д. Э. Розенталя:

Я читаю роман А. И. Герцена «Кто виноват?».

Однако на практике в таких случаях точка часто не ставится: вопросительный (или восклицательный) знак перед кавычкой, закрывающей цитату, выполняет и функцию знака конца предложения, по аналогии с правилами оформления прямой речи.

Поскольку следующее предложение начинается с прописной буквы, точка нужна.

Пример можно выделить курсивом (вместо кавычек), а фамилию автора заключить в скобки (инициал имени при этом не обязателен). Точка ставится после закрывающих скобок, не перед скобками.

Да, Вы правы, такое построение предложения создает двусмысленность. 
Правильным вариантом будет: «Пусть A – точка на параболе, F – фокус параболы, d – директриса параболы, AD – перпендикуляр, опущенный на директрису». В этом случае, «F» и «d» относятся к параболе, а не к точке A.

Правила 1956 года – тонкая книжечка, в которой невозможно было бы описать все возможные орфографические нюансы и трудности пунктуационного оформления. Если мы будем пользоваться только книгой «Правила русской орфографии и пунктуации», изданной в 1956 году, мы просто не сможем писать, редактировать и корректировать современные тексты.

Разумеется, если слова автора связаны с прямой речью, они будут оформляться по общим правилам. Речь идет о ситуации, когда такой связи нет (и это довольно редкий случай). По сути, то, что мы называем «словами автора», в этом случае является самостоятельным предложением, которое следует за прямой речью, но никак с ней не связано.

Самый лучший вариант - перестроить предложение так, чтобы ссылка находиласть не в конце. Можно также подчеркнуть ссылку (при этом точка останется неподчеркнутой).