В первом предложении простое глагольное сказуемое есть (здесь это полнозначный глагол существования), а вот во втором предложении все сложнее.

Во-первых, простого глагольного сказуемого в нем нет: это должна быть полнозначная спрягаемая форма глагола, а ее как раз нет. Есть нулевая формальная связка (в настоящем времени она регулярно имеет нулевую форму, в остальных — выражена: Моя мечта была поступить в вуз). Но она потому и называется формальной, что, хотя это спрягаемая форма, она лишена лексического значения и самостоятельным сказуемым быть не может. Сказуемое в этом предложении составное именное, но проблема в том, что́ следует признать его именной частью. На первый взгляд, мечта — подлежащее, сказуемое — (была) поступить. Аналогичное впечатление производит и предложение, в котором инфинитив заменен отглагольным существительным: Моя мечта была поступление в вуз. Однако сказуемые (?) была поступить, была поступление выглядят несколько странно. Кроме того, мы знаем, что именная часть сказуемого может иметь форму не только именительного, но и творительного падежа (ср.: Иванов был врач / Иванов был врачом). Если мы проверим, что в нашем предложении можно менять именительный падеж на творительный, то получим:

*Моя мечта была поступлением в вуз (1);

Моей мечтой было поступление в вуз (2);

Моей мечтой было поступить в вуз (3).

Очевидно, что вариант (1) неприемлем, в то время как (2) и (3) вполне приемлемы.

Таким образом, грамматическими признаками именной части сказуемого в нашем предложении обладает сущ. мечта.

Перед нами «предложение-перевертыш»: его смысловая структура находится в противоречии с его грамматической структурой. Однако в грамматике такая ситуация отнюдь не уникальна: нам же известны, например, конструкции, в которых субъект, который мы привыкли видеть в подлежащем, выражен косвенным дополнением: Комиссией произведен осмотр объекта.

В заключение нужно заметить, что инфинитив выступает в качестве именной части составного именного сказуемого в предложениях типа Споткнуться означало неминуемо упасть. И в этом нет ничего удивительного, если помнить, что инфинитив, в сущности, и есть именная форма глагола, возникшая значительно позднее самих глаголов и позволяющая ему выполнять в предложении любые функции, доступные имени. В спрягаемой форме глагол может быть только сказуемым или его частью, а в инфинитиве — любым членом предложения.

Простым же глагольным сказуемым инфинитив является ТОЛЬКО в редких случаях, когда он используется для обозначения начальной стадии действия с оттенком высокой интенсивности: И царица — хохотать, и плечами пожимать.
 

1. Выражение в любом случае не требует постановки знаков препинания.

2. Выделять запятыми — ставить запятые с двух сторон. Отделять запятой — ставить одну запятую.

Сочетания вступают на ступень лучше избегать, предпочтительно: ученики переходят (встают, поднимаются) на последнюю ступень своей школьной жизни, хотя и этот вариант звучит трагично...

Да, слова по преданию обособляются как вводные. Обстоятельственный оборот согласно чему-либо факультативно выделяется запятыми (поэтому во втором предложении запятую можно ставить, можно не ставить).

Т. к. предлог «кроме» употребляется здесь в значении «дополнительно, вдобавок к чему-либо», допустимо ставить и не ставить запятую. См. в «Справочнике по пунктуации»: КРОМЕ (кого, чего).

Правило, по которому не нужно ставить знаки препинания на вывесках (но при этом нужно ставить в официальном наименовании!), нам неизвестно. Запятые на вывесках (а также на обложках книг, лозунгах, транспарантах, в объявлениях, рекламе и т. п.) нужны.

1. Корректор прав. Нет причин ставить запятые после сочетаний в то же время и к тому же.

2. После а именно лучше не ставить никакого знака. Подробнее о пунктуации при этом союзе см. в «Справочнике по пунктуации».

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.