Прекрасный ряд близких по значению слов дан в «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Ивановича Даля. Есть возможность выбрать какое-либо слово и оценить уместность, допустимость его употребления в конкретном тексте.

Правильным будет вариант 2: При получении вы всегда можете проверить состав заказа, и, если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться. Союз и связывает две грамматические основы в составе сложносочиненного предложения — вы (первое) можете проверить и вы (второе) можете отказаться; часть если вам не подходит срок годности позиции — это придаточная часть внутри главной. Заметим, однако, что с коммуникативной точки зрения лучше разделить высказывание на два предложения: При получении вы всегда можете проверить состав заказа. Если вам не подходит срок годности позиции, вы можете от неё отказаться.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

Слово комильфо — заимствованное из французского языка устойчивое выражение, которое исходно имеет значение (букв.) ‘как надо, как следует’. Практически сразу оно начало употребляться в роли прилагательного и наречия (синонимы — приличный, прилично, пристойный, пристойно и т. п.). Как многие оценочные прилагательные, оно быстро начало использоваться и как существительное, дающее оценку человеку в целом. Именно в этом значении мы встречаем его, например, в автобиографической трилогии Л. Н. Толстого, оно же зафиксировано и в словарной статье.

В приведенном вами предложении слово использовано тоже как существительное, но в значении опредмеченного качества: со всеми необходимыми в подобных случаях приличиями. Такое употребление слова комильфо нельзя признать безукоризненным, это очевидная вольность. Но ничем иным, кроме как существительным, это слово в данном предложении признано быть не может, потому что только существительное обладает способностью подчинять себе определения (всем необходимым).

В «Большом толковом словаре русских глаголов» в соответствии с назначением и принципами построения словаря приведены английские эквиваленты лексических значений глаголов. Словарь адресован в том числе преподавателям русского языка как иностранного. Это комплексный толково-переводно-идеографический словарь, таким его и задумывали составители.

Слово заключение является отглагольным существительным. Что касается предлога при, то он может быть как синонимом предлога во время, так и синонимом предлога в случае (см. значения 4.0 и 7.1 в «Большом универсальном словаре русского языка»). 

Сочетание и многое другое действительно стоит в одном перечислительном ряду с придаточными, поэтому запятая перед ним не требуется.

Корректно: «Надо за пять — добежим за пять» — читалось на разгорячённых от недавнего бега и мороза лицах; Через полчаса мы побежим штурмовать условно вражеский берег.

Более правильный вариант: Арбитражный суд города Москвы в составе судьи Ивановой И. И. в порядке взаимозаменяемости с судьёй Петровой П. П., рассмотрев заявление... Иначе получается, что судья Петрова П. П. взаимозаменяема сама с собой.