В третьем из приведенных предложений знаки расставлены верно. Что касается первых двух случаев, здесь корректно такое оформление: Самопознание, действие ума, и самоосуждение, действие совести, есть внутренняя духовная жизнь; В общении с миром видимым, материальным, и невидимым, духовным...
Правильно: (приехать) из Москвы.
Верно: из бутыли (ударение на Ы). Если Вы имеете в виду просторечное, нелитературное употребление слова, то ударение обычно падает на Я.
Верно: ... - одна из лучших клиник.
Предпочтительно: напоминает колоритного персонажа.
Предпочтительно без предлога, но возможны также контексты, в которых предлог потребуется.
Выбор предлога зависит от используемого глагола либо иного слова, управляющего предлогом.
В каком контексте?
Это сочетание корректно, оно имеет значение "кожа, произведенная в Италии".
Официальное название государства: Республика Беларусь.